Z punktu widzenia pracodawców zasadniczą kwestią jest uprawnienie organów sanitarnych do wskazywania tych pracodawców, którzy zatrudniają lub zatrudniali pracownika w warunkach, które mogły spowodować skutki zdrowotne uzasadniające postępowanie w sprawie rozpoznania i stwierdzenia choroby zawodowej (§8 ust. 3 pkt. 2 rozporządzenia).

W praktyce często zdarza się, że organy Inspekcji Sanitarnej błędnie oceniają swoje kompetencje i dochodzą od przekonania, że w myśl przepisów rozporządzenia ich zadaniem jest wskazanie w jakim zakładzie pracy powstała choroba zawodowa. Podkreślić trzeba, że nie to jest to przedmiotem badania organów sanitarnych. Według jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych, przedmiotem badania organu w sprawach z zakresu chorób zawodowych jest: charakter schorzenia w kontekście choroby wymienionej w wykazie chorób zawodowych, warunki pracy w świetle narażenia na powstanie tej choroby oraz związek przyczynowy między chorobą zawodową, a tymi warunkami (por. wyroki: Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 2 listopada 2010 r., sygn. akt. IV SA/Gl 103/10; Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu z dnia 9 listopada 2010 r., sygn. akt. II SA/Op 440/10). Dlatego też uznać należy, że „postępowanie w przedmiocie choroby zawodowej nie ma za zadanie ustalenia, u którego pracodawcy powstała choroba zawodowa. Przepis § 8 ust. 3 pkt 2 rozporządzenia w sprawie wykazu chorób zawodowych, szczegółowych zasad postępowania w sprawach zgłaszania podejrzenia i stwierdzenia chorób zawodowych oraz podmiotów właściwych w tych sprawach (Dz. U. Nr 132, poz. 1115) mówi o zatrudnieniu w warunkach, które mogły spowodować określone skutki zdrowotne, a nie o zatrudnieniu w warunkach, które te skutki spowodowały” (tak Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 29 grudnia 2009 r., sygn. akt. II OSK 1627/09).

Wobec powyższego należy wnioskować, że organy Inspekcji Sanitarnej przy stwierdzaniu choroby zawodowej nie mają kompetencji do stwierdzenia, w którym zakładzie pracy powstała choroba zawodowa, lecz mogą jedynie wskazać tych pracodawców zatrudniających pracownika w warunkach, które mogły przyczynić się do powstania choroby zawodowej. Orzekanie organów ponad przyznane im kompetencje należy oceniać jako naruszenie przepisów, które może skutkować nawet uchyleniem decyzji o stwierdzeniu choroby zawodowej.