Zgodnie z przepisami ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych [updop], nakłady poniesione na przystosowanie wynajętego lokalu dla potrzeb przedsiębiorstwa klasyfikowane są jako inwestycja w obcym środku trwałym, od której dokonywane są odpisy amortyzacyjne, przy czym minimalny okres amortyzacji to 10 lat (art. 16a ust. 2 pkt 1 oraz art. 16j ust. 4 pkt 1 updop). Często umowy najmu są zawierane na okres krótszy niż okres podatkowej amortyzacji takiej inwestycji (czyli na krócej niż 10 lat). Zdarza się również, że najemca rozwiązuje umowę najmu (np. w celu przeniesienia swojej działalności w inne bardziej atrakcyjne miejsce). Mogą wówczas powstać wątpliwości jak dla celów podatkowych zakwalifikować niezamortyzowaną część inwestycji w obcym środku trwałym.

Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 5 updop, za koszt podatkowy nie uważa się strat w środkach trwałych i wartościach niematerialnych i prawnych w części pokrytej sumą odpisów amortyzacyjnych. Ponadto, art. 16 ust. 1 pkt 6 updop wskazuje, że do kosztów podatkowych nie zalicza się ”strat powstałych w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te utraciły przydatność gospodarczą na skutek zmiany rodzaju działalności”. Należy więc uznać, że jeżeli likwidacja środka trwałego następuje z innej przyczyny niż zmiana rodzaju działalności, strata stanowi koszt podatkowy. Wskazane przepisy mają również zastosowanie do inwestycji w obcych środkach trwałych (zgodnie bowiem z art. 16a ust. 2 updop inwestycje te zwane są przez updop również środkami trwałymi).

Updop nie precyzuje jednak jak należy rozumieć określenie „likwidacja”. Zgodnie z internetowym Słownikiem Języka Polskiego PWN likwidacja to m.in. „zniesienie, usunięcie lub rozwiązanie czegoś”. Na tej podstawie, w przypadku inwestycji w obcym środku trwałym, likwidacja powinna obejmować również wycofanie inwestycji z ewidencji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych w związku z rozwiązaniem umowy najmu. Jeśli jednocześnie umowa najmu nie jest rozwiązywana w związku ze zmianą rodzaju działalności prowadzonej przez przedsiębiorcę, strata taka będzie kosztem uzyskania przychodów.

Stanowisko takie jest prezentowane przez orzecznictwo sądowe, np. WSA w Poznaniu w wyroku z 11 maja 2010 r. (I SA/Po 166/10) wskazał, że „nie tylko fizyczne unicestwienie środka trwałego, ale także przekazanie środka trwałego innemu podmiotowi czy to poprzez darowiznę czy sprzedaż, zmianę metody prowadzenia działalności gospodarczej, likwidację środka trwałego w związku z jego zużyciem technicznym, technologicznym lub moralnym, wycofanie go z ewidencji środków trwałych”. Podobnie również wyrok WSA w Gdańsku z 16 kwietnia 2009 r., I SA/Gd 194/09, wyrok WSA w Bydgoszczy z 8 grudnia 2009 r. (I SA/Bd 768/09), wyrok NSA z 4 listopada 2008 r. (II FSK 1035/07) i wiele innych.

Organy podatkowe jednak konsekwentnie podtrzymują własną „zawężoną” interpretację  pojęcia „likwidacja” i utożsamiają ją z fizycznym zniszczeniem/unicestwieniem. Np. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z 25 lutego 2010 r. (IPPB5/423-774/09-3/AJ) wskazał: „Nie można zakwalifikować nieumorzonej wartości środków trwałych, czy też inwestycji w obcych środkach trwałych automatycznie jako straty w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. W opinii tut. Organu podatkowego nieodpłatne (nieodpłatność jest konsekwencją pierwotnego ukształtowania stosunku umownego, a nie tylko wypowiedzenia umowy) pozostawienie wynajmującemu „inwestycji w obcym środku trwałym” lub „środka trwałego” nie mieści się w ustawowym pojęciu „straty”. Podobnie m.in. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji z 3 grudnia 2009 r. (ITPB3/423-543/09/PS).

W takim przypadku, podatnicy mogą rozważyć wystąpienie z wnioskiem o indywidualną interpretację prawa podatkowego, przy czym liczyć się muszą z koniecznością rozstrzygnięcia sporu na drodze sądowej. Warto wskazać na wyrok WSA w Warszawie z 20 stycznia 2009 r. (III SA/Wa 1916/08), w którym Sąd podkreślił, że przepisy Ordynacji podatkowej (art. 14e § 1) wychodzą poza zasadę związania wyrokiem tylko w sprawie, w której on zapadł i nadają orzecznictwu „sądów administracyjnych walor normatywny także w stosunku do innych indywidualnych spraw załatwianych w drodze interpretacji przepisów prawa podatkowego (interpretacji indywidualnych)”. W świetle powyższych wyroków sądów administracyjnych w przedmiotowej sprawie podatnicy mogą liczyć na korzystne rozstrzygnięcie również w ich sprawie.

Z podatkowego punktu widzenia najbezpieczniejszym rozwiązaniem jest przywrócenie stanu pierwotnego lokalu, tj. fizyczna likwidacja inwestycji. Rozwiązanie to może jednak być nieuzasadnione z ekonomicznego punktu widzenia (w szczególności, gdy nakłady przedstawiają pewną wartość rynkową i mogą zostać wykorzystane przez kolejnego najemcę).

W takiej sytuacji podatnicy mogą rozważyć uzyskanie zwrotu nakładów poczynionych na lokal od wynajmującego. Co istotne, w zastosowaniu takiego rozwiązania może być zainteresowany również wynajmujący – nieodpłatne pozostawienie nakładów rodzi bowiem również dla niego ryzyko podatkowe (ryzyko powstania przychodu podlegającego opodatkowaniu). Dla najemcy wartość zwrotu nie będzie przychodem podlegającym opodatkowaniu podatkiem dochodowym do wysokości niezamortyzowanej wartości inwestycji w obcym środku trwałym na podstawie art. 12 ust. 4 pkt 6a updop, zgodnie z którym nie uważa się za przychód „zwróconych innych wydatków nie zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów”. Stanowisko takie podzielają również organy podatkowe, np. w interpretacji Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu z 3 czerwca 2008 r. (ILPB3/423-164/08-2/ŁM): „Dojdzie zatem do zwrotu poczynionych nakładów. W myśl art. 12 ust. 4 pkt 6a, do przychodów zostanie zaliczona jedynie ta część otrzymanej kwoty, która przekraczać będzie wartość niezamortyzowanej części środka trwałego”.

Na uwagę zasługuje art. 16 ust. 1 pkt 48 updop, na podstawie którego nie zalicza się do kosztów podatkowych odpisów amortyzacyjnych od tej części wartości początkowej środka trwałego, która odpowiada wydatkom na nabycie (lub ew. wytworzenie), które zostały zwrócone podatnikowi w jakiejkolwiek formie. Niejasne może być zatem, czy w związku z otrzymaniem zwrotu nakładów od wynajmującego, należałoby dokonać korekty wcześniejszych odpisów amortyzacyjnych, które w całości zostały zaliczone do kosztów. Należy jednak uznać, że przepis ten nie daje podstaw do dokonywania korekty wstecz – w momencie ustalania wartości początkowej inwestycji i dokonywania odpisów amortyzacyjnych podatnik/przedsiębiorca poniósł wydatek, który w wyniku dopiero kolejnych zdarzeń stał się „wydatkiem zwróconym”. Stanowisko takie zaprezentował np. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji z 21 sierpnia 2008 r. (ITPB3/423-349/08/AM) analizując zwrot wydatków w formie dotacji: „Natomiast od miesiąca, w którym otrzymano dofinansowanie, kosztem uzyskania przychodów nie będzie kwota odpisów amortyzacyjnych ustalona w proporcji, w jakiej pozostaje kwota otrzymanego dofinansowania do wartości początkowej środka trwałego .Jako, że odpisy amortyzacyjne od wartości przedmiotowego środka trwałego, naliczone do dnia otrzymania dofinansowania, były dokonywane zgodnie z obowiązującym stanem faktycznym i prawnym, stanowią one koszt uzyskania przychodów okresu, w którym były dokonane, w pełnej wysokości. Tym samym, z chwilą otrzymania dotacji podatnik nie dokonuje korekty dotychczas dokonanych odpisów”. Również zwrot nakładów powinien być rozliczany poprzez bieżące zmniejszenie kosztów uzyskania przychodów.

W praktyce spotyka się również sprzedaż nakładów na lokal wynajmującemu lub kolejnemu najemcy. Wówczas niezamortyzowana część inwestycji powinna być kosztem podatkowym na podstawie art. 16 ust. 1b updop.