Jak już wspomniano wraz z upływem terminu przedawnienia stosunek prawny zobowiązania podatkowego wygasa bez względu na to, czy dłużnik podatkowy powoła się na przedawnienie czy też nie. Tym samym uiszczone przez dłużnika świadczenie podatkowe pomimo przedawnienia jest nienależne i podlega zwrotowi. Jednakże z praktyki wiadomo, iż w wielu przypadkach organy podatkowe nieświadome przedawnienia zobowiązania podatkowego zamierzają lub dokonały jego egzekucji.
W przypadku wszczęcia postępowania egzekucyjnego możliwe jest wniesienie zarzutu. Zarzut należy wnieść w terminie 7 dni od doręczenia odpisu tytułu wykonawczego. Jednakże trzeba mieć na uwadze, iż wniesienie przez zobowiązanego zarzutu w sprawie prowadzenia postępowania egzekucyjnego nie wstrzymuje tego postępowania. Organ egzekucyjny może jedynie w uzasadnionych przypadkach (nie określono ich nigdzie) wstrzymać postępowanie egzekucyjne lub niektóre czynności egzekucyjne do czasu rozpatrzenia zarzutu (art. 35). O zgłoszonych zarzutach organ rozstrzyga w drodze postanowienia. Organ egzekucyjny wydając postanowienie w sprawie zarzutów może odrzucić je jako bezzasadne lub uwzględnić je, umarzając postępowanie egzekucyjne. Od postanowienia w przedmiocie rozstrzygnięcia zarzutu służy zobowiązanemu zażalenie, które należny wnieść w terminie 7 dni od otrzymania postanowienia. Zażalenie na postanowienie w sprawie zarzutów podlega rozpatrzeniu w terminie 14 dni od dnia doręczenia organowi odwoławczemu.
Jako że polskie prawo podatkowe nie przewiduje możliwość wydania przez organy podatkowe decyzji stwierdzającej wygaśnięcie zobowiązania podatkowego z racji jego przedawnienia, jedynym sposobem na uzyskanie stanowiska, organu podatkowego w sprawie przedawnienia zobowiązania podatkowego jest złożenie wniosku o wydanie zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach. Zaświadczenie wydaje się w granicach żądania wnioskodawcy, powinno być ono wydane bez zbędnej zwłoki, nie później jednak niż w terminie 7 dni. Jest to termin maksymalny do wydania zaświadczenia, o charakterze procesowym, którego jednak przekroczenie przez organ nie pozbawia go możliwości wydania zaświadczenia po jego upływie. Na niewydanie zaświadczenia w ustawowym terminie stronie przysługuje na mocy art. 141 § 1 w związku z art. 306k Ordynacji podatkowej ponaglenie do organu wyższego stopnia. Jeżeli natomiast okoliczności faktyczne lub prawne nie pozwalają wydać wnioskodawcy zaświadczenia o żądanej treści, to organ podatkowy obowiązany jest wydać postanowienie o odmowie wydania zaświadczenia, na które przysługuje wnioskodawcy zażalenie (art. 306c Ordynacji podatkowej).
Aczkolwiek wydanie zaświadczenia nie wywiera skutków materialnoprawnych, to ustalenia poczynione przez organy podatkowe w toku postępowania o wydanie zaświadczenia – w szczególności przez organ wyższej instancji w wypadku ewentualnego postępowania zażaleniowego – mogą posłużyć organowi I instancji do uznania zobowiązań jako przedawnionych, a tym samym do odstąpienia od ich egzekucji. Co prawda orzeczenie organu odwoławczego wiąże organ I instancji jedynie w danej sprawie, jednak uznanie przez izbę skarbową, iż dane zobowiązanie podatkowe wygasło na skutek przedawnienia posłuży urzędowi skarbowemu jako swoista opinia prawna udzielona w sprawie wymagalności zobowiązania.
Natomiast gdyby właściwe zaświadczenie zostało wydane po wszczęciu postępowania egzekucyjnego, można przyjąć, iż organ egzekucyjny odstąpiłby od egzekucji mając na względzie stanowisko organu wyższej instancji, nie ryzykując wniesienia przez podatnika zarzutu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Bowiem w wypadku niezgodnego z przepisami prawa wszczęcia lub prowadzenia egzekucji administracyjnej, zobowiązany może dochodzić od organu egzekucyjnego (będącego jednocześnie wierzycielem) odszkodowania za wyrządzone szkody.
Reasumując powyższe rozważania należy stwierdzić, iż postawa podatnika, którego zobowiązania podatkowe uległy przedawnieniu, może przybrać dwojaki charakter: aktywny (wniesienie o wydanie stosownego zaświadczenia, które w sposób pośredni wskaże na przedawnienie zobowiązań) lub pasywny (oczekiwanie na wszczęcie postępowania egzekucyjnego, a następnie podniesienie zarzutu przedawnienia). Jednakże uwzględniając fakt, iż wydanie przez organ zaświadczenia może doprowadzić do odstąpienia od egzekucji, a także mając wzgląd na szybkość tego postępowania, korzystniejsze jest złożenie wniosku o wydanie zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach.
