Dotyczy to zarówno firm posiadających nieruchomości na własne potrzeby, na wynajem jak i deweloperów, których sytuacja jest specyficzna, gdyż grunt jest w zasadzie towarem. Najczęstsze sytuacje jakie występują w związku z tymi opłatami są następujące.

Podatnik posiada grunt, na którym w danym roku podatkowym nie jest prowadzona żadna inwestycja. Twierdzenie, że podatek od nieruchomości i opłaty za użytkowanie nie powinny być w związku z tym kosztem podatkowym jest niezgodne z przepisami. Dany wydatek może być zaliczony do kosztów podatkowych, jeżeli istnieje związek z prowadzoną działalnością gospodarczą oraz możliwość osiągnięcia przychodu, a także zachowania lub zabezpieczenia źródła przychodu. Związek ten powinien być szeroko rozumiany co oznacza, że do kosztów podatkowych mogą być zaliczone wydatki, które związane są bezpośrednio z uzyskiwanym przychodem jak również koszty pośrednie, których powiązanie z konkretnym przychodem jest niemożliwe, jednak ich poniesienie jest niezbędne do prawidłowego funkcjonowania przedsiębiorstwa. Obowiązek płacenia danin publicznoprawnych Pomimo, że w danym roku podatkowym mogą nie być prowadzone żadne inwestycje, to wydatki na utrzymanie nieruchomości są ponoszone w celu zachowania lub zabezpieczenia źródła uzyskania przychodu, który potencjalnie wystąpi w następnych latach działalności – są zatem koszami pośrednimi działalności.

Podatnik może też prowadzić inwestycję polegającą na budowie budynku, który w przyszłości będzie zaliczony do środków trwałych. W tej sytuacji można się spotkać ze stanowiskiem, że podatek od nieruchomości i opłata za wieczyste użytkowanie płacone w okresie budowy powinny zwiększać wartość początkową budynku. Pogląd taki pojawia się w orzecznictwie sądów administracyjnych (np. wyrok WSA z 30 grudnia 2004 r., sygn. III SA?Wa 1750/04) oraz organów podatkowych (np. postanowienie Naczelnika Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie z 29 stycznia 2007 r., sygn. 1471/DPD1/423-153/06/DP, także postanowienie Naczelnika Trzeciego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego
w Radomiu z 6 grudnia 2006 r., sygn. 1473/731/KDO/423/6/06/JŻ). Przepisy jednak wskazują że wydatki te powinny być zaliczane do kosztów w dacie poniesienia. Zgodnie z art. 16g ust 4 ustawy o CIT za koszt wytworzenia uważa się wartość, w cenie nabycia, zużytych do wytworzenia środków trwałych: rzeczowych składników majątku i wykorzystanych usług obcych, kosztów wynagrodzeń za prace wraz z pochodnymi, i inne koszty dające się zaliczyć do wartości wytworzonych środków trwałych, przy czym do kosztu wytworzenia nie zalicza się m. in. kosztów ogólnych zarządu. Przepisy nie definiują tego pojęcia, jednak doktryna prawa podatkowego wskazuje, że koszty ogólnego zarządu, to koszty, które nie są związane z doprowadzeniem produktu do postaci i miejsca, w których znajduje się na dzień wyceny (produkt wytworzony). Podatek od nieruchomości i opłata za wieczyste użytkowanie nie służą wykonaniu środka trwałego, pomimo że niewątpliwie są kosztami niezbędnymi do poniesienia. Również w rozumieniu ustawy o rachunkowości są one kosztami ogólnymi zarządu. Stanowisko to zostało potwierdzone w wielu interpretacjach prawa podatkowego, przykładowo: postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w Gdańsku z 15 lutego 1992 r. sygn. BI/005-1220/04, postanowienie Naczelnika Pomorskiego Urzędu Skarbowego z 28 czerwca 2006 r. sygn. DP/423-0069/06/AK. Inne argumenty przemawiające za tym, że wydatki te powinny być kosztami pośrednimi są następujące. Po pierwsze są one kosztami, które stanowią daninę publiczno prawną związaną z odrębnym od budowanego budynku. Po drugie, obowiązek poniesienia tych opłat jest niezależny od prowadzenia inwestycji. Ponadto są związane z majątkiem posiadanym przez podatnika, a więc są kosztem pośrednim działalności nie związanym z konkretnym przychodem. Podstawą obliczenia podatku od nieruchomości jest powierzchnia nieruchomości, natomiast opłata za użytkowanie wieczyste uzależniona jest od wartości nieruchomości – a więc niezależne od budynku. Powyższa argumentacja pojawia się również w pozytywnych interpretacjach organów podatkowych: „Podatek od nieruchomości, stanowi element kosztów stałych, który z mocy prawa Jednostka jest obowiązana uiszczać w związku z użytkowaniem nieruchomości” (postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w Tomaszowie Mazowieckim z 24 kwietnia 2007 r., sygn. 1471/DPR2/423-12/07/AB).

Również w sytuacji, gdy deweloper prowadzi inwestycję mieszkaniową i w przyszłości lokale mieszkaniowe będą sprzedawane, a lokale użytkowe mogą być wynajęte, podatek od nieruchomości i opłaty za użytkowanie powinny być zaliczone do kosztów podatkowych w dacie poniesienia. Dotyczą one całokształtu działalności i są ponoszone w celu utrzymania źródła przychodu. Trudno wskazać bezpośredni związek podatku czy opłat ponoszonego w latach poprzednich z przychodem ze sprzedaży mieszkań w roku 2008 r. lub z przychodem z czynszu. Tym bardziej, że często na gruntach tych znajduje się miejsce zarządu Spółki. Dodatkowo, gdyby chcieć rozpoznać wydatki te jako koszty podatkowe w dacie sprzedaży lub wynajmu mieszkań pojawia się pytanie o klucz alokacji, ponieważ cena poszczególnych lokali może ulec zmianie, nie wiadomo również czy wszystkie lokale zostaną sprzedane/wynajęte, a także kiedy rozpoznać jako koszt część związaną z lokalami wynajmowanymi – w dacie pierwszego czynszu, czy w kolejnych okresach. Również pozostałe argumenty wskazane wyżej mają w tej sytuacji adekwatne zastosowanie. Stanowiska organów podatkowych w tym aspekcie są coraz częściej pozytywne. Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie w postanowieniu z  24 kwietnia 2007 r. stwierdził: „Bez względu zatem, czy i kiedy nastąpi sprzedaż nieruchomości, wydatki stanowiące przedmiot zapytania Wnioskodawcy, stanowią koszt uzyskania przychodu w momencie ich poniesienia”. Również Izba Skarbowa w Krakowie w piśmie z 14.10.2005 r., zmieniając postanowienie organu podatkowego I instancji na skutek uznania, że rażąco narusza ono prawo, wskazała, że: „(…)wydatki poniesione na opłatę roczną za wieczyste użytkowanie gruntów stanowią koszty wykazujące pośredni związek z osiąganym przychodem, ponieważ dotyczą całokształtu działalności Podatnika, związane są z funkcjonowaniem Firmy i zostały poniesione w celu zachowania źródła przychodów. Zatem wydatki te winny być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w dacie ich poniesienia”.