Przede wszystkim podatnik nie może ponosić negatywnych konsekwencji z tytułu zastosowania się do otrzymanej interpretacji. W konsekwencji interpretacje chronią podatnika m.in. przed karami, które mogłyby być nałożone na podstawie regulacji zawartych w Kodeksie Karnym Skarbowym. Ponadto zastosowanie się do otrzymanej interpretacji chroni przed koniecznością zapłaty odsetek za zwłokę oraz podatku. W przypadku braku konieczności zapłaty podatku nie dotyczy to jednak wszystkich interpretacji – ochrona występuje bowiem tylko w odniesieniu do interpretacji dotyczących stanów przyszłych. Wnika to z faktu, iż w takiej sytuacji podstawą podjęcia przez podatnika decyzji o sposobie rozliczenia podatkowego była wydana interpretacja. Zgodnie więc z art. 14m Ordynacji podatkowej, w sytuacji ewentualnej zmiany decyzji Ministra Finansów lub nieuwzględnienia interpretacji w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej przez organ podatkowy, podatnik, który w dobrej wierze zastosował się do interpretacji, będzie zwolniony z obowiązku zapłaty podatku. Inaczej sytuacja przedstawia się w przypadku interpretacji dotyczących stanu faktycznego, istniejącego w momencie składania wniosku o wydanie interpretacji. Choć chronią one przed karami z KKS i naliczaniem odsetek za zwłokę, to nie uchronią podatnika przed zapłatą zaległego podatku. Można to uzasadnić tym, że w tych ostatnich sytuacjach podatnik sam podjął decyzję co do sposobu rozliczenia, a dopiero potem złożył zapytanie, czy jego postępowanie jest prawidłowe w świetle prawa podatkowego. Jego działanie nie było więc wynikiem otrzymanej interpretacji, ale indywidualnej decyzji.

Podsumowując, jeżeli mamy wątpliwości co do prawidłowego zastosowania regulacji podatkowych warto zwrócić się o wydanie interpretacji indywidualnej, w celu zabezpieczenia się przed ewentualnymi konsekwencjami błędnego zinterpretowania przepisów podatkowych przez organ podatkowy. Pamiętać jednak należy, iż władze skarbowe mogą w odniesieniu do danej sytuacji prezentować jednolitą, negatywną dla podatnika, linię interpretacyjną, którą można przełamać dopiero na poziomie sądu administracyjnego. W konsekwencji, składając wniosek o interpretację indywidualną, musimy w niektórych przypadkach liczyć się z negatywną odpowiedzią i koniecznością dalszego postępowania w celu udowodnienia swoich racji.