W nowych przepisach założono, że Skarb Państwa za środki z Funduszu Kolejowego (FK) nabędzie od Polskich Kolei Państwowych SA (PKP SA) akcje PKP Polskich Linii Kolejowych SA (PKP PLK SA). Skarb Państwa wykupi też za środki z Funduszu Kolejowego udziały PKP SA w spółce Przewozy Regionalne sp. z o.o. (PR). Wynika to z wniesienia do tej spółki aportem zapleczy technicznych do obsługi taboru oraz innych nieruchomości. Jest to zgodne z porozumieniem zawartym przez ministra infrastruktury z samorządami województw w grudniu 2008 roku.

Fundusz Kolejowy na wykup akcji i udziałów będzie przeznaczał wpływy z opłaty paliwowej. W 2010 r. Fundusz Kolejowy na wykup przez Skarb Państwa akcji PKP PLK SA i nabycie udziałów w spółce PR przeznaczy 500 mln zł z opłaty paliwowej. W latach 2011-2014 na nabycie od PKP SA akcji PKP PLK SA corocznie będzie przekazywane co najmniej 500 mln zł, z wyjątkiem 2012 r. kiedy kwota ta wyniesie co najmniej 350 mln zł.

Te transakcje zapewnią PKP SA środki na spłatę swojego zadłużenia i pomogą im zwiększyć płynność finansową. Obecnie PKP SA są zadłużone na ok. 5,6 mld zł. Dla PKP PLK SA oznacza to szybsze uniezależnienie i wydzielenie z Grupy PKP SA (zgodnie z wytycznymi Komisji Europejskiej), a dla Przewozów Regionalnych Sp. z o.o. – poprawę sytuacji finansowej.

Wniesienie aportem do spółki PR zapleczy technicznych do obsługi taboru ograniczy koszty jej działalności, bo nie będzie ona musiała ponosić wydatków związanych z zakupem usług zewnętrznych do obsługi taboru. Spółka PR od początku swojego istnienia dzierżawiła zaplecza techniczne od PKP SA. Dopiero jej usamorządowienie i uregulowany stan prawny nieruchomości należących do PKP SA, umożliwiły przejęcie zapleczy technicznych. PR nie będą w sytuacji uprzywilejowanej, gdyż wszystkie kolejowe spółki przewozowe zostaną wyposażone w zaplecza techniczne, tj. PKP Cargo SA, PKP Intercity SA, PKP SKM w Trójmieście Sp. z o.o. i PKP Linia Hutnicza Szerokotorowa Sp. z .o.o. w Zamościu.

W nowych przepisach przewidziano także możliwość wypłaty w 2012 r. samorządom województw z Funduszu Kolejowego do 150 mln zł na współfinansowanie organizowania regionalnych kolejowych przewozów pasażerskich. Dzięki temu w 2012 r. samorządy otrzymają łącznie 250 mln zł z FK, ponieważ kolejne 100 mln zł w tym roku otrzymają na inwestycje taborowe z FK. Środki te fundusz pozyska na podstawie znowelizowanej w 2009 r. ustawy o autostradach płatnych i Krajowym Funduszu Drogowym. Dodatkowe środki dla samorządów umożliwią rozwój kolejowych pasażerskich przewozów regionalnych w województwach, np. uruchomienie nowych połączeń, poprawę jakości usług przewozowych.
Nowe regulacje mają obowiązywać po 14 dniach od daty ogłoszenia w Dzienniku Ustaw.