Sprawa dotyczyła udzielania bonusów warunkowych, czyli premii pieniężnych wypłacanych kontrahentowi z tytułu osiągnięcia określonego wolumenu sprzedaży zrealizowanej na jego rzecz bądź terminowości realizacji określonych transakcji. Sąd w uzasadnieniu orzekł, że wobec braku w polskich i unijnych przepisach definicji rabatu, należy nim objąć wszelkie działania zmierzające do zachęcenia klienta do dalszych transakcji gospodarczych z podatnikiem udzielającym premii. Ministerstwo Finansów stało na stanowisku, że premia stanowi zwrot części uiszczonego wcześniej wynagrodzenia i można ją powiązać z dokonanymi dostawami towarów.
Uchwała NSA ujednoliciła podejście judykatury w tym przedmiocie, ostatecznie przyjmując, że udzielona premia pieniężna w swoich skutkach ekonomicznych stanowi rabat, i zgodnie z art. 29 ust. 4 ustawy o VAT obniża podstawę opodatkowania. Dotychczasowa linia orzecznicza oscylowała wokół dwóch odmiennych podejść do premii pieniężnych.
Pierwsza z nich koncentrowała się na wydzieleniu takiego bonusu z zakresu pojęciowego rabatu i uznaniu go za odrębne zdarzenie nie wywołujące żadnych konsekwencji podatkowych na gruncie VAT, z uwagi na czysto pieniężny charakter transakcji niepozwalający na powiązanie jej z konkretną dostawą czy świadczeniem usług. Dodatkowo, to podatnik, w zakresie własnego przedsiębiorstwa, decyduje o zakwalifikowaniu wynagrodzenia jako premii pieniężnej lub rabatu (I FSK 432/10, I FSK 1202/10 i I FSK 630/10).
Drugie podejście, prezentowane głównie przez organy podatkowe, ujęte zostało w interpretacji ogólnej wydanej przez Ministra Finansów z dnia 31 grudnia 2004 r. (PP3 812-1222/04/AP/4026), zgodnie z którym wypłata bonusów warunkowych, w sytuacji zrealizowania określonego obrotu lub terminowości wpłat, jako powiązana z określonymi zachowaniami kontrahenta, stanowi wynagrodzenie z tytułu świadczonych usług i podlega opodatkowaniu VAT. To dosyć oryginalne podejście było stopniowo łagodzone przez kolejne interpretacje indywidualne, i obecnie administracja podatkowa przyjmuje stanowisko, zgodnie z którym kwoty wypłacane z tytułu premii pieniężnych stanowią rabat w rozumieniu ustawy o VAT i powodują tym samym obniżenie podstawy opodatkowania w myśl art. 29 ust. 4 VAT. W tym samym duchu przedstawiciele Ministerstwa Finansów reprezentowali resort w postępowaniu przed NSA twierdząc ponadto, że udzielenie premii pieniężnej powinno być korygowane fakturami zbiorczymi, natomiast wszelkie negatywne konsekwencje z tego tytułu ponosi podatnik na podstawie art. 108 ustawy o VAT, zgodnie z którym w przypadku wystawienia przez podatnika faktury zawierającej kwotę podatku jest on obowiązany do uiszczenia podatku VAT.
Naczelny Sąd Administracyjny przychylając się do stanowiska organów podatkowych orzekł tym samym, że wbrew twierdzeniom Ministerstwa Finansów, brak jest w polskiej ustawie o VAT sankcji wobec podatników, którzy nie skorygują obrotu i faktury VAT z tytułu udzielenia premii pieniężnej i zasugerował odpowiednie prace legislacyjne w tym zakresie.
Zatem w sytuacji udzielenia bonusu warunkowego kontrahentom, podatnik będzie zobowiązany do wystawienia faktur korygujących poszczególne transakcje, obniżając tym samym pierwotną podstawę opodatkowania. Zgodnie z art. 29 ust. 4a ustawy o VAT, możliwość uwzględnienia udzielonej premii pieniężnej w deklaracji VAT jest uzależniona od posiadania, przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, potwierdzenia otrzymania korekty faktury przez nabywcę towaru lub usługi, dla którego wystawiono fakturę.