Jeżeli Minister Finansów nie zgadza się ze stanowiskiem przedstawionym we wniosku to niemalże we wszystkich przypadkach wskazuje on również na fakt, iż przywołane przez wnioskodawcę orzeczenia wiążą jedynie w indywidualnych sprawach i w związku z tym pozostają bez wpływu na treść interpretacji. Czy rzeczywiście tak jest?

Stanowisko prezentowane przez Ministra Finansów jest błędne. Pomija ono bowiem całkowicie istotę instytucji interpretacji indywidualnych, którą jest jednolite stosowanie przepisów prawa. jednolitego, a więc identycznego w identycznym stanie faktycznym i prawnym. Należy przy tym zwrócić uwagę, że przepis art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej przyznaje Ministrowi Finansów uprawnienie do zmiany z urzędu interpretacji, jeżeli stwierdzi on jej nieprawidłowość, uwzględniając w szczególności orzecznictwo sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub TS UE. Skoro więc orzecznictwo sądów powinno mieć wpływ na zmianę interpretacji indywidualnej, to tym bardziej musi być uwzględniane przy jej wydaniu. Powyższy pogląd znalazł potwierdzenie w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 20 stycznia 2009 r. (sygn. akt III SA/Wa 1916/08). W wyroku tym  Sąd m.in. wskazał, iż skoro istnieje norma (art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej), która umożliwia Ministrowi Finansów zmianę interpretacji w świetle orzecznictwa sądowego, to tym bardziej Minister Finansów powinien uwzględniać takie orzecznictwo przy jej wydawaniu.

Co do obowiązku uwzględniania orzecznictwa TS UE to wynika on z zasady lojalnej współpracy (art. 4 Traktatu o funkcjonowaniu EU – dawniej art. 10 TWE). Zgodnie z art. 2 Traktatu o przystąpieniu Polski do Unii Europejskiej, od dnia przystąpienia nowe Polska jest związana postanowieniami Traktatów założycielskich i aktów przyjętych przez instytucje Wspólnot i Europejski Bank Centralny przed dniem przystąpienia. Tym samym Polska zobowiązała przejąć całe prawo wspólnotowe oraz acquis communautaire Wspólnoty. Polska została więc zobowiązana do podjęcia wszelkich właściwych środków w celu zapewnienia wykonania zobowiązań wynikających z TWE lub z działań instytucji Wspólnoty (a więc również TS UE). Innymi słowy, jeżeli TS UE dokona wykładni przepisu dyrektywy, to państwo członkowskie (jego organy podatkowe) są zobowiązane do stosowania wykładni przedstawionej przez Trybunał, m.in. w wyroku C-26/62 Van Gend & Loos.

Podsumowując, należy ponownie podkreślić, iż wydając interpretacje indywidualne Minister Finansów powinien uwzględniać orzecznictwo TS UE oraz polskich sądów administracyjnych.