W obrocie gospodarczym przyjmuje się, że skonto jest rodzajem upustu ceny (rabatu), który sprzedawca może stosować w wypadkach, kiedy zapłata za towar lub usługę wykonywana jest w terminie wcześniejszym niż wynika to z treści umowy sprzedaży. „Kwota skonta rekompensuje kupującemu skutki wynikające z faktu dokonania wcześniejszej zapłaty. Udzielone skonta, oznaczają procentowe zmniejszenie należności wówczas, gdy zapłata należności następuje przed terminem płatności.” (tak m.in. NSA – Oddział Zamiejscowy w Katowicach w wyroku z dnia 20 października 1997 r.; sygn. akt I SA/Ka 408/96).

Określając sposób opodatkowania skonta na gruncie podatku VAT trzeba zwrócić uwagę, iż w myśl art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług (zwaną dalej: ustawą o VAT) podstawą opodatkowania jest obrót, czyli kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy, przy czym zgodnie z art. 29 ust. 4 ustawy o VAT obrót zmniejsza się o kwotę udokumentowanych, prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów w postaci bonifikat, upustów, uznanych reklamacji i skont. Obrót ponadto obniża się o kwoty wynikające z dokonanych korekt faktur.
Równocześnie w myśl przepisów rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. m.in. w sprawie wystawiania faktur, w przypadku udzielenia rabatów określonych w art. 29 ust. 4 podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury korygującej (§ 13 rozporządzenia).

Z punktu widzenia podatku od towarów i usług, rabaty (skonta) można podzielić na dwie grupy:
–  udzielone przed powstaniem obowiązku podatkowego w tym podatku (rabaty transakcyjne),
–  udzielone po powstaniu tego obowiązku (rabaty potransakcyjne).

Rabaty transakcyjne udzielone przed ustaleniem ceny nie mają wpływu na podstawę opodatkowania, ponieważ kwotą należną z tytułu sprzedaży jest kwota żądana od nabywcy, a więc w takim przypadku pomniejszona już o rabat, którego nie ma potrzeby wykazywać na fakturze. Z kolei udzielenie rabatu potransakcyjnego, czyli po wystawieniu faktury sprzedaży, wymaga wystawienia faktury korygującej zgodnie z § 13 rozporządzenia. W rezultacie sprzedawca będzie miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego dotyczącego transakcji, której dotyczy rabat, ale dopiero w przypadku otrzymania potwierdzenia odbioru faktury korygującej przez nabywcę towaru (art. 29 ust. 4a ustawy o VAT).

Celem uniknięcia konieczności wystawiania faktury korygującej dokumentującej udzielenie skonta sprzedający może na fakturze będącej podstawą do zapłaty należności przez nabywcę wykazać niższą cenę (po uwzględnieniu „skonta”), bez wyszczególniania kwoty przyznanego skonta. Jedynie w takim przypadku udzielenie opisywanego rabatu nie będzie skutkować koniecznością wystawienia faktury korygującej. Trzeba jednakże mieć na uwadze, iż w sytuacji, gdy kontrahent nie spełni warunków do zastosowania niższej ceny, sprzedający będzie zobowiązany do skorygowania podstawy opodatkowania, jak również wystawienia faktury korygującej podwyższającej obrót.

Z racji tego, iż wystawienie przez sprzedającego faktur korygujących podwyższających obrót będzie w tym przypadku efektem zdarzenia, które nastąpiło po dokonaniu sprzedaży, w okresach rozliczeniowych, w których wystawiano faktury pierwotne sprzedawca nie posiadał żadnej wiedzy co do faktu, iż podstawa opodatkowania ulegnie zmianie (będzie wyższa). Z powyższego wynika, iż  dokonane przez podatnika korekty pierwotnych faktur VAT w opisywanym przypadku powinny zostać uwzględnione w bieżącym rozliczeniu podatku VAT.

Uwzględniając powyższe należy stwierdzić, iż rozliczenie podatku VAT w przypadku udzielenia skonta przez sprzedającego jest uzależnione od tego czy stanowi ono formę rabatu transakcyjnego czy też potransakcyjnego. Jedynie w drugim z opisywanych przypadków konieczne będzie wystawienie faktury, która skoryguję podstawę opodatkowania określoną w fakturze pierwotnej.