Stowarzyszenie jest dobrowolnym, samorządnym oraz trwałym zrzeszeniem o celach niezarobkowych. Stowarzyszenie samodzielnie określa swoje cele, programy i struktury organizacyjne oraz uchwala akty wewnętrzne dotyczące jego działalności. Stowarzyszenia mogą prowadzić działalność gospodarczą jako działalność pomocniczą, co oznacza, że działalność gospodarcza nie może być podstawową działalnością stowarzyszenia, tylko dodatkową, wspierającą. Dochód z działalności gospodarczej w całości musi być przeznaczony na realizację celów statutowych.

Stowarzyszenie uzyskuje wraz z wpisem do Krajowego Rejestru Sądowego osobowość prawną. Jako podmiot wykonujący samodzielnie działalność gospodarczą, stowarzyszenie jest podatnikiem podatku VAT. Stowarzyszenie w zakresie w jakim odpłatnie świadczy usługi i dokonuje dostawy towarów za wynagrodzeniem wykonuje działalność opodatkowaną podatkiem VAT. Natomiast w pozostałym zakresie stowarzyszenia nie wykonują działalności opodatkowanej VAT. Ponadto, w określonych w ustawie przypadkach, czynności wykonywane przez stowarzyszenia podlegają zwolnieniu z opodatkowania podatkiem VAT.

Stowarzyszenie ma prawo do odliczenia podatku VAT na zasadach ogólnych, czyli w zakresie w jakim towary i usługi wykorzystywane są do wykonania działalności opodatkowanej. Ponadto, zgodnie z art. 90 ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług, w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. W przypadku gdy nie jest możliwe wyodrębnienie i przypisanie do określonych czynności kwot podatku naliczonego, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego w oparciu o tzw. proporcję.

Proporcję ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. W tym miejscu należy podkreślić, że zgodnie z uchwałą 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 24 października 2011 r., sygn. I FPS 9/10 sformułowanie „czynności, w związku z którymi nie przysługuje prawo do odliczenia” oznacza czynności zwolnione z podatku VAT, a nie czynności w ogólne nie objęte zakresem podatku VAT. Oznacza to, że w sytuacji gdy podatnik nabędzie towaru lub usługi wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych oraz czynności niepodlegających opodatkowaniu, przy czym nie da się jednoznacznie przypisać tych towarów i usług do jednej z kategorii tych czynności, podatnik nie stosuje w ogóle odliczenia częściowego wedle proporcji, lecz stosuje odliczenie pełne.

Stowarzyszenia prowadząc swoją działalność nabywają towary i usługi opodatkowane podatkiem VAT. Towary i usługi mogą być wykorzystywane zarówno w zakresie działalności opodatkowanej podatkiem VAT, jak i w zakresie działalności statutowej, niepodlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT. Niekiedy trudno jest wyodrębnić, które towary i usługi oraz w jakim zakresie są wyłącznie związane z działalnością opodatkowaną, a które z działalnością statutową. Wątpliwości te dotyczą zazwyczaj takich rodzajów wydatków jak np. opłaty za media, czynsz za wynajem biura itp. W takiej sytuacji znajdzie zastosowanie odliczenie proporcjonalne bądź odliczenie pełne. Proporcja znajdzie zastosowanie w sytuacji, gdy nabywane towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem VAT oraz do czynności zwolnionych z podatku VAT lub do wykonywania zarówno czynności opodatkowanych podatkiem VAT, zwolnionych z VAT, jak i niepodlegających opodatkowaniu VAT, przy założeniu, że nie jest możliwe ich przyporządkowanie do poszczególnych czynności. Natomiast w sytuacji, gdy dany zakup jest wykorzystywany przez stowarzyszenie zarówno do działalności opodatkowanej VAT, jak i do działalności niepodlegającej opodatkowaniu VAT i nie jest wykorzystywany do działalności zwolnionej od opodatkowania VAT, a stowarzyszenie nie ma możliwości przyporządkowania dokonywanych zakupów do jednego konkretnego rodzaju prowadzonej działalności, to wówczas stowarzyszenie będzie miał prawo do pełnego odliczenia podatku VAT. Powyższe stanowisko prezentują również organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych, np. interpretacja indywidualna wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 25 czerwca 2012 r., znak IPPP1/443-440/12-2/IGo, interpretacja indywidulana wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 5 sierpnia 2011 r., znak IPPP2/443-74/09/11-4/S/Asi/KOM.