W standardowym systemie cash-pool, Agent zakłada rachunek w wybranym banku. Inni uczestnicy systemu albo posiadają odrębne rachunki w banku albo jedynie subkonta do rachunku pool leadera. Na lub z takich rachunków (subkont) dokonywane są wpływy i wypływy środków pieniężnych. Istotą systemu jest kompensowanie sald dodatnich i ujemnych powstających na rachunku pool leadera oraz rachunkach (lub subkontach) uczestników systemu. Takie kompensaty pozwalają ograniczyć, w skali wszystkich uczestników, kwotę zadłużenia, od której podmiot trzeci (np. bank) pobiera odsetki. Jeśli łączne saldo wszystkich rachunków Agenta oraz uczestników jest ujemne, bank od tego salda pobiera odsetki. W przypadku łącznego salda dodatniego, bank uznaje rachunek Agenta odsetkami. Agent i pozostali uczestnicy dokonują rozliczeń odsetek od sald dodatnich i ujemnych poszczególnych uczestników – kalkulacje będące podstawą takich rozliczeń sporządza najczęściej bank. Rozliczenia te następują zwykle w formie automatycznych przelewów między rachunkami (subkontami) uczestników.

Przepisy o podatku VAT nie wskazują wprost, jakie skutki w zakresie podatku VAT wywierają rozliczenia w systemie cash-pool. Zasady ogólne podatku VAT wskazują natomiast, że opodatkowaniu podlega świadczenie usług za wynagrodzeniem, a podstawą opodatkowania jest kwota należna, pomniejszona o podatek. Usługą jest natomiast każde świadczenie, które nie stanowi dostawy towarów. Dodatkowo, usługi pośrednictwa finansowego (z pewnymi wyjątkami) korzystają ze zwolnienia z VAT.

Z powyższego wynika, że jakkolwiek będzie określony usługodawca, usługobiorca oraz podstawa opodatkowania, usługi związana z rozliczeniami z cash-poolingiem będą zwolnione. Poprawne określenie tych elementów jest o tyle istotne, że może wpływać na prawo odliczenia VAT naliczonego przez usługodawcę usług w ramach systemu (świadczone usługi zwolnione z VAT nie dają prawa odliczenia podatku naliczonego i wpływają na wartość tzw. współczynnika VAT).

Opodatkowanie usług w ramach systemu cash-pool jest przedmiotem licznych interpretacji prawa podatkowego. Wynika z nich dość jednolite stanowisko, mówiące, że usługodawcą jest jedynie bank, za pośrednictwem którego taka usługa jest świadczona. Bank bowiem, jako jedyna strona systemu cash-pool działa aktywnie i w celach zarobkowych, a jego czynności nakierowane są na korzyści na rzecz usługobiorców (Agent i pozostali uczestnicy systemu). Podstawą opodatkowania VAT dla banku jest natomiast kwota pobieranego wynagrodzenia – opłat stałych oraz odsetek. Pozostali uczestnicy systemu (łącznie z Agentem) są zgodnie z dominującą linią interpretacji jedynie usługobiorcami usługi świadczonej przez bank. Ich czynności w ramach systemu mają bowiem charakter pomocniczy. Dodatkowo, ich uczestnictwa w systemie jest nakierowane na uzyskiwanie własnych korzyści (zapewnienie płynności finansowej, źródła finansowania, itp.). W związku z tym, uczestnictwo w systemie cash-pool nie ma wpływu na ich rozliczenia VAT.

Takie konkluzje zawiera m.in. interpretacja wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie 28 lipca 2010 r. (IPPP1-443-542/10-5/AS). Takie stanowisko jest również zgodne z licznymi innymi interpretacjami, np. interpretacje indywidualne wydane przez Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie 29 lipca 2010 r. (IPPP3/443-505/10-5/MPe), 19 lipca 2010 r. (IPPP1-443-540/10-4/MP), 2 lipca 2010 r. (IPPP1-443-539/10-5/IGo), 28 czerwca 2010 r. (IPPP3/443-504/10-5/MG).