Zdaniem WSA w Gdańsku, ustawodawca uważa za nieistotny dla możliwości odliczenia podatku naliczonego, związanego ze sprzedaż opodatkowaną, fakt iż jest również dokonywana sprzedaży pozostająca poza zakresem opodatkowania VAT. Wynika z tego, iż świadomie zrezygnował z wliczania obrotów z tego typu sprzedaży do „współczynnika sprzedaży”. Sam współczynnik ma zastosowanie tylko do sprzedaży opodatkowanej VAT i zwolnionej z tego podatku.
W ocenie sądu przy wyliczeniu proporcji sprzedaży należy brać pod uwagę tylko czynności objęte system VAT, a za takie nie można uznać czynności, które są poza zakresem opodatkowania podatkiem VAT. W konsekwencji, takie czynności nie będą wpływały na wysokość odliczonego podatku VAT. Na potwierdzenie swojego stanowiska sąd przywołał m.in. orzeczenia NSA z dnia 7 września 2005 r. sygn. akt I FSK 2054/04, z dnia 26 marca 2009 r. sygn. akt I FSK 27/08, z dnia 29 czerwca 2010 r., sygn. akt I FSK 478/10.
Powyższy wyrok należy ocenić pozytywnie, zwłaszcza w kontekście stanowiska najczęściej prezentowanego przez organy podatkowe. W większości, bowiem, przypadków organy podatkowe nakazują w takiej sytuacji stosować „współczynnik sprzedaży” w celu określenia wysokości podatku naliczonego do odliczenia. Wydaje się jednak, iż prawidłowe jest stanowisko WSA w Warszawie, który ogranicza zastosowanie współczynnika tylko do przypadków, gdy występuje sprzedaż zwolniona z opodatkowania i opodatkowana VAT. Dlatego miejmy nadzieję, iż powyższy wyrok przyczyni się do zmiany niekorzystnego stanowiska organów podatkowych.
