W praktyce, premie pieniężne udzielane są przez sprzedawców, którzy chcą w ten sposób wynagrodzić swoich kontrahentów. Najczęściej premie takie przyznawane są nabywcom w zamian za osiągnięcie przez nich w ustalonym czasie określonego poziomu zakupów lub/i terminowe dokonywanie płatności za towary zakupione od danego sprzedawcy. W praktyce, wysokość premii podlegającej wypłacie ustalana jest często jako procent od wartości zakupów zrealizowanych przez nabywcę w określonym czasie.

Jeśli chodzi o sposób opodatkowania na gruncie regulacji VAT premii pieniężnych, to przez długi okres był on kształtowany głównie przez stanowisko Ministra Finansów zaprezentowane w interpretacji urzędowej wydanej 30 grudnia 2004 r.  W piśmie tym Minister Finansów uznał, iż premie pieniężne związane z konkretną dostawą powinny być traktowane jako rabat obniżający cenę towaru. W efekcie, wypłata takich premii powinna skutkować wystawieniem faktury korygującej sprzedaż przez podmiot udzielający takiej premii. Jeśli natomiast premie pieniężne nie są związane z żadną konkretną dostawą i wypłacane są np. z tytułu zrealizowania przez nabywcę zakupów o określonej wartości lub też terminowe dokonywanie płatności za dokonane zakupy – powinny być one traktowane jako wynagrodzenie za usługę świadczoną przez nabywcę na rzecz podmiotu wypłacającego premię. Oznacza to, iż zdaniem Ministra Finansów każda premia pieniężna miała określone skutki na gruncie ustawy – jako rabat obniżający cenę towarów lub jako wynagrodzenie za usługę podlegającą opodatkowaniu VAT.

Z powyższym stanowiskiem nie zgodził się Naczelny Sąd Administracyjny, który w wyroku z 6 lutego 2007 r. uznał, iż premia pieniężna za osiągnięcie przez kupującego określonego pułapu zakupów u jego kontrahenta, czy też terminowe realizowanie płatności z tytułu dokonanych zakupów nie stanowi wynagrodzenia za jakąkolwiek usługę podlegającą opodatkowaniu VAT. Argumentując powyższe stanowisko NSA wskazał, iż przyjęcie odmiennego podejścia prowadziłoby do niedopuszczalnej sytuacji, w której jedna czynność (polegająca na dokonywaniu zakupów lub terminowym regulowaniu płatności) stanowiłaby równocześnie dostawę towarów i świadczenie usługi, podlegając tym samym podwójnemu opodatkowaniu VAT. NSA podkreślił, że w analizowanym przypadku brak jest świadczenia wzajemnego ze strony podmiotu otrzymującego premię pieniężną, który dokonuje zakupów dobrowolnie, a niezrealizowanie przez niego np. wymaganego poziomu zakupów nie jest obwarowane żadną sankcją. Tym samym, premia pieniężna powinna być traktowana jako rodzaj nagrody pieniężnej wypłacanej kontrahentowi za dobrą współpracę, pozostając zdarzeniem neutralnym na gruncie regulacji VAT. Powyższe stanowisko należy uznać za zasadne. Zostało ono również potwierdzone w szeregu wyroków wydanych m.in. przez WSA w Warszawie, Poznaniu, Kielcach i Gliwicach.

Mimo jednolitej linii orzeczniczej prezentowanej w tym zakresie przez sądy administracyjne, organy podatkowe stosują się ciągle w większości do stanowiska Ministra Finansów przedstawionego w interpretacji urzędowej prawa podatkowego z 2004 r. W rozwianiu wątpliwości związanych z traktowaniem na gruncie ustawy o VAT premii pieniężnych nie pomogła również odpowiedź Ministra Finansów z 28 grudnia 2007 r. na interpelację poselską w tej sprawie. Powołując się na złożoność i różnorodność stosowanych premii pieniężnych oraz konieczność każdorazowego analizowania konkretnej sytuacji, Minister Finansów uniknął bowiem jednoznacznej odpowiedzi, jak należy opodatkować VAT wypłacane premie pieniężne.

W praktyce prowadzi to więc do sytuacji, w której pomioty gospodarcze ciągle nie mają pewności, jak należy opodatkowywać VAT udzielane premie pieniężne. Dodatkową komplikację wprowadziła zmiana regulacji o VAT, która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2008 r. i wykluczyła prawo podatników do odliczenia podatku naliczonego VAT wykazanego na fakturach dokumentujących transakcje nie podlegające albo zwolnione od VAT. Oznacza to, że co do zasady, udokumentowanie wypłaconej premii pieniężnej fakturą VAT w przypadku, gdy premia taka w ogóle nie powinna podlegać temu opodatkowaniu spowoduje możliwość zakwestionowania prawa podatnika wypłacającego premię pieniężną do odliczenia podatku naliczonego VAT z takiej faktury. Równocześnie, należy jednak mieć na uwadze, że w takim przypadku podatnik może się ciągle powoływać na ochronę wynikającą z urzędowej interpretacji Ministra Finansów z 2004 r. W świetle opisanych rozbieżności, uzyskanie własnej interpretacji indywidualnej w tej sprawie pozwoli zminimalizować ewentualne ryzyko podatkowe związane z otrzymywanymi lub wypłacanymi premiami pieniężnymi.