Dla celów podatku dochodowego opłata za korzystanie ze środowiska stanowi koszt uzyskania przychodu. Jest to opłata związana z ogólnym funkcjonowaniem jednostki, a zatem stanowi ona koszt pośredni., Koszty uzyskania przychodów inne niż koszty bezpośrednio związane z przychodami są potrącane w dacie ich poniesienia ( art. 15 ust. 4d i 4e updop i art. 22 ust. 5c i 5d updof).
Natomiast za dzień poniesienia tego rodzaju kosztu uzyskania przychodów uważa się dzień, na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury (rachunku), albo dzień, na który ujęto koszt na podstawie innego dowodu w przypadku braku faktury (rachunku). Podstawą ujęcia w księgach rachunkowych opłaty za korzystanie ze środowiska będzie dowód księgowy sporządzony przez jednostkę na podstawie wykazu zawierającego informacje i dane wykorzystane do ustalenia wysokości opłat oraz wysokość tych opłat, który jednostka obowiązana jest przedłożyć marszałkowi województwa oraz wojewódzkiemu inspektorowi ochrony środowiska, tj. PK – Polecenie księgowania lub ten wykaz, o którym mowa w art 286 ust 1 Ustawy z dnia 27.04.2001 r. Prawo ochrony środowiska
Czyli data ujęcia opłaty za korzystanie ze środowiska w kosztach bilansowych decydować będzie też o momencie uwzględnienia tej opłaty w kosztach podatkowych.
Powyższe dotyczy oczywiście opłat niesankcyjnych. W przypadku, bowiem opłat za przekroczenie norm nie mogą być one uznane za koszty uzyskania przychodów. Taka zasada została zawarta w art. 16 ust. 1 pkt 19 lit. a) updop i art. 23 ust. 1 pkt 16 lit. a) updof. Te przepisy wskazują, iż nie uważa się za koszty uzyskania przychodów kar, opłat i odszkodowań oraz odsetek od tych zobowiązań z tytułu nieprzestrzegania przepisów w zakresie ochrony środowiska.
