W praktyce za moment rejestracji uznaje się, dzień złożenia zgłoszenia rejestracyjnego VAT – R (np. Interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 5 sierpnia 2008 r. syg. IP-PP2-443-910/08-2/SAP). Choć stanowisko to nie wynika wprost z przepisów, to jest o tyle słuszne, że jak wspomniano powyżej decyzja rejestracyjna ma charakter deklaratoryjny, a fakt bycia podatnikiem zależy jedynie od wykonywania czynności będących działalnością gospodarczą w rozumieniu ustawy o VAT. W tym kontekście można nawet argumentować, że dopuszczalna jest retrospektywna rejestracja skoro ma ona jedynie znaczenie deklaratoryjne.
Prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje wszystkim podmiotom wykonującym opodatkowaną działalność gospodarczą w rozumieniu ustawy o VAT i może być ograniczone jedynie w szczególnych przypadkach. Ponieważ jak wspomniano wyżej status podatnika nie zależy od dopełnienia obowiązków rejestracyjnych, zasadnym jest aby odliczenie przysługiwało także w stosunku do pierwszych wydatków inwestycyjnych poniesionych w celu i z zamiarem rozpoczęcia działalności gospodarczej. W ocenie ETS dokonanie takich wydatków stanowi działalność gospodarczą i w konsekwencji podatnik ma prawo do odliczenia VAT od tych zakupów. Zdaniem ETS odmienna interpretacja obciążałaby przedsiębiorcę kosztem z tytułu podatku VAT bez prawa do odliczenia co powodowałoby arbitralne rozróżnienie między wydatkami poniesionymi przed faktycznym wykorzystaniem rzeczy do celów działalności i wydatkami poniesionymi w toku prowadzenia działalności operacyjnej (orzeczenia ETS ws. C – 268/83, C – 110/98 i C – 400/98).
Należy zauważyć, że ustawa o VAT nie zakazuje wprost odliczenia VAT od towarów nabywanych przed rejestracją. Jednakże zgodnie z tą ustawą obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni. Oznacza to, że status podatnika VAT czynnego jest niezbędny w momencie dokonywania odliczenia. A contrario nie musi on istnieć na dzień, w którym miała miejsce transakcja, z której wynika podatek podlegający odliczeniu. Z takim stanowiskiem zgadzają się również organy podatkowe (np. Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach interpretacja z 27.06.2008 syg. IBPP1/443-619/08/MD(KAN-4065/04/08)) choć do niedawna pogląd ten na gruncie polskich przepisów bywał kwestionowany. Co istotne przepisy te nie znajdują swojego odpowiednika w Dyrektywie 112. Dyrektywa wymaga jedynie aby podatnik w celu realizacji prawa do odliczenia posiadał fakturę sporządzoną zgodnie z przepisami.
W praktyce należy pamiętać, że prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzyma fakturę lub w rozliczeniu za okres kolejny. Jeśli podatnik nie obniży kwoty podatku należnego w tych okresach, może to zrobić jedynie przez korektę deklaracji. Regulacje te mogą, w praktyce, prowadzić do ograniczenia prawa do odliczenia VAT w stosunku do zakupów dokonanych przed złożeniem zgłoszenia rejestracyjnego jeśli złożenie tego zgłoszenia nastąpi po upływie dwóch miesięcy od dokonania zakupu uprawniającego do odliczenia VAT (lub kwartałów jeśli podatnik ma prawo do składania deklaracji VAT-7K). Wydaje się, że z formalnego punktu widzenia nie jest możliwa korekta deklaracji VAT ponieważ podatnik, za okres, w którym otrzymał fakturę, nie składał deklaracji. Jak w takiej sytuacji odzyskać zapłacony podatek VAT? Na ten problem zwrócił uwagę WSA w Łodzi w orzeczeniu z 5 sierpnia 2008 (syg. I SA/Łd 149/08). Sprawa dotyczyła podatniczki, która w grudniu 2005 r. utraciła prawo do zwolnienia z VAT jednak mimo to, do kwietnia 2007 r. nie złożyła zgłoszenia rejestracyjnego. Organ podatkowy, w wyniku kontroli obejmującej lipiec 2006 r., ustalił zobowiązanie podatkowe w VAT za ten miesiąc bez uwzględnienia prawa do odliczenia VAT naliczonego. Sąd uznał takie postępowanie organu za nieprawidłowe. W ocenie składu orzekającego organ podatkowy miał obowiązek uwzględnić kwoty podatku naliczonego podlegające odliczeniu gdyż status podatnika VAT ma charakter obiektywny i nie zależy od dopełnienia obowiązku rejestracji. Ponadto w ocenie Sądu prawo do odliczenia VAT może być limitowane tylko w zakresie dozwolonym przez przepisy wspólnotowe a te wymagają jedynie posiadania faktury. W konsekwencji Sąd przyznał podatniczce rację i zgodził się, że w odniesieniu do okresu po utracie zwolnienia, ma ona prawa do odliczenia podatku naliczonego. Jest też uprawniona do skorygowania odpowiednich deklaracji. Choć nie wynika to wprost z uzasadnienia przedmiotowego wyroku, wydaje się, że w takiej sytuacji podatnik powinien złożyć deklaracje za okresy sprzed rejestracji i wykazać tam podatek naliczony. W tym miejscu należy również zwrócić uwagę na uchwalone niedawno przez Sejm zmiany w ustawie o VAT. Nowe przepisy przewidują wydłużenie okresu, w którym można dokonać odliczenia do ostatniego okresu danego roku podatkowego co w praktyce może mieć duże znaczenie także dla nowych podatników.
