Zgodnie ze wspomnianym projektem w terminie od dnia 1 stycznia 2013 r. do dnia 1 stycznia 2014 r. podatnicy nie będą posiadali obowiązku wystawiania faktur wewnętrznych. Z kolei od dnia 1 stycznia 2014 r. przepisy nie będą w ogóle regulowały wystawiania faktur wewnętrznych. Wspomniana zmiana z pewnością ułatwi podatnikom rozliczanie podatku VAT, gdyż obowiązek wystawienia faktury wewnętrznej bywał częstokroć błędnie interpretowany przez organy podatkowe (np. w zakresie terminu wystawienia faktury lub też konsekwencji wystawienia, czy niewystawienia faktury).
W tym miejscu warto przypomnieć, że stosownie do treści art. 106 ust. 7 ustawy o VAT podatnik posiada obowiązek wystawienia faktury wewnętrznej w następujących przypadkach:
1) nieodpłatna dostawa towarów oraz nieodpłatne świadczenie usług opodatkowane na mocy art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy o VAT,
2) import usług,
3) wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów,
4) dostawa towarów, dla której podatnikiem jest nabywca,
5) dotacje oraz subwencje opodatkowane VAT.
Tym samym w przypadku dokonania jednej z powyższych czynności po dniu 1 stycznia 2013 r. podatnik nie będzie posiadał obowiązku wystawienia faktury wewnętrznej. Natomiast samonaliczenia VAT będzie mógł dokonać na podstawie innych niż faktura wewnętrzna dokumentów księgowych, czy też nawet na podstawie polecenia księgowania. Z kolei w przypadku gdyby jednak zdecydował się na wystawienia faktury wewnętrznej powinien wystawić ją na koniec okresu rozliczeniowego.