Omawiane przepisy są implementacją do krajowego porządku prawnego dyrektywy Rady 2009/162/UE z 22 grudnia 2009 r. zmieniającej dyrektywę 2006/112/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej [Dyrektywa VAT]. Zgodnie z wprowadzonym do Dyrektywy VAT art. 168a, w przypadku nieruchomości stanowiącej część majątku przedsiębiorstwa danego podatnika i wykorzystywanej zarówno do celów prowadzonej przez tego podatnika działalności, jak i do innych celów, VAT od wydatków związanych z taką nieruchomością podlega odliczeniu wyłącznie do wysokości udziału procentowego, w jakim dana nieruchomość została wykorzystana do celów działalności prowadzonej przez podatnika. Natomiast zmiany w udziale procentowym wykorzystania nieruchomości, są uwzględniane zgodnie z zasadami przewidzianymi dla proporcjonalnego odliczania VAT, zgodnie z ich zastosowaniem w danym państwie członkowskim. Dyrektywa pozostawia zatem państwu członkowskiemu dookreślenie zasad dokonywania korekty podatku naliczonego przy zmianie stopnia wykorzystywania nieruchomości na cele związane z działalnością.
Zgodnie z preambułą do dyrektywy wprowadzającej art. 168a do Dyrektywy VAT, omawiane przepisy mają na celu doprecyzowanie i wzmocnienie zasady neutralności opodatkowania VAT (wyrażającej się w przyznaniu podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego) w tych sytuacjach gdy nieruchomości przeznaczone do celów działalności gospodarczej nie są wykorzystywane w pełni do tych celów.
Nowelizacja ustawy o VAT zakłada, że przez „nakłady ponoszone na nabycie nieruchomości” rozumie się również nabycie praw wieczystego użytkowania gruntów oraz wytworzenie nieruchomości. Natomiast wytworzenie nieruchomości zostało zdefiniowane jako wybudowanie nieruchomości lub jej ulepszenie w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym. Zatem częściowemu odliczeniu oraz ewentualnej korekcie podlegać będzie nie tylko wartość VAT naliczonego zwartego w cenie nabytej nieruchomości lub nabywanych towarów i usług związanych z wznoszeniem tej nieruchomości, ale również VAT naliczony dotyczący tych nakładów na nieruchomość, które skutkują jej ulepszeniem w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym. Przypomnijmy, że zgodnie z tymi przepisami środki trwałe uważa się za ulepszone gdy suma wydatków poniesionych na ich przebudowę rozbudowę, rekonstrukcję, adaptację lub modernizację w danym roku podatkowym przekracza 3500 zł.
W tym kontekście pojawia się pytanie, czy skoro nowe przepisy odnoszą się do regulacji w zakresie podatku dochodowego dotyczących ulepszania środków trwałych, znajdą one również zastosowanie do tych nakładów na ulepszenie nieruchomości należących do majątku podatnika, które nie stanowią środków trwałych lecz środki obrotowe i są np. wynajmowane na cele inne niż mieszkaniowe, a podatnik postanowi wykorzystać część tej nieruchomości na cele inne niż związane z prowadzoną działalnością. Można bowiem argumentować, iż poprzez odwołanie się do zasad dotyczących środków trwałych nowe przepisy nie obejmują tych ulepszeń, które dotyczą nieruchomości niezaliczonych do środków trwałych podatnika.
