Odpowiadając na pytanie Czytelnika należy zwrócić uwagę, iż stosownie do normy prawnej wyrażonej w art. 20 ust. 5 ustawy o podatku od towarów i usług (dalej: ustawa o VAT), obowiązek podatkowy z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów powstaje 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano dostawy towaru będącego przedmiotem wewnątrzwspólnotowego nabycia (…). Z kolei na mocy art. 20 ust. 6 ustawy o VAT, w przypadku gdy przed terminem, o którym mowa w art. 20 ust. 5 ustawy o VAT, podatnik podatku od wartości dodanej wystawił fakturę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury. Natomiast zgodnie z art. 20 ust. 7 ustawy o VAT, obowiązek podatkowy powstaje również z chwilą wystawienia faktury przez podatnika od wartości dodanej potwierdzającej otrzymanie przez niego od podatnika całości lub części należności przed dokonaniem dostawy towaru będącego przedmiotem WNT na terytorium kraju.
Mając na uwadze cytowane przepisy, należy zauważyć, że ustawodawca określił w art. 20 ust. 5 ustawy o VAT zasadę ogólna powstania obowiązku podatkowego, która związana jest z dokonaniem wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Natomiast art. 20 ust. 6 i 7 ustawy o VAT winien być traktowany jako odstępstwo od powyższej reguły.
Odnosząc powyżej przywołane przepisy do analizowanego stanu faktycznego należy stwierdzić, iż obowiązek podatkowy z tytułu uregulowanej przez Czytelnika zaliczki nie powstał. Jak bowiem wynika z art. 20 ust. 7 ustawy o VAT, wykazanie obowiązku podatkowego w WNT w przypadku zapłaty zaliczki może nastąpić jedynie za okres, w którym wystawiona została faktura zaliczkowa. Trzeba przy tym podkreślić, iż faktura zaliczkowa winna dokumentować faktyczną zapłatę przez podatnika części lub całości należności przed dokonaniem WNT. Natomiast w opisywanej sytuacji faktura nie została w ogóle wystawiona przez dostawcę.
W konsekwencji Czytelnik nie powinien rozpoznać obowiązku podatkowego z tytułu WNT, jak również nie powinien wykazywać tejże transakcji w informacji podsumowującej.