Ponadto, wystawienie faktury w formie elektronicznej skutkuje również koniecznością przechowywania jej w tej formie przez odbiorcę faktury, co może wiązać się z trudnościami dla niektórych podatników. Co więcej, w przypadku kontroli, podatnik ma obowiązek zapewnienia organom podatkowym „natychmiastowego, pełnego i ciągłego” dostępu do faktur elektronicznych5. Paradoksalnie, tak rygorystyczny obowiązek nie występuje przy fakturach papierowych.
Przełomowe orzecznictwo
Dużo mniej restrykcyjny niż polskie regulacje w zakresie faktur elektronicznych okazał się Naczelny Sąd Administracyjny, który wydał dwa przełomowe orzeczenia liberalizujące w pewnym zakresie zasady wystawiania, przesyłania oraz przechowywania faktur w tej formie.
Zgodnie z wyrokiem NSA z 3 listopada 2009 r.6, podatnikom przysługuje prawo do przechowywania kopii faktur w formie elektronicznej, również w sytuacji, gdy pierwotnie faktury te zostały wystawione w formie papierowej. Orzeczenie to przyznaje więc podatnikom prawo by nie drukowali oni kopii faktur, lecz zachowywali je w systemie.
Natomiast, w orzeczeniu z 20 maja 2010 r.7 NSA stwierdził, iż wymogi zawarte w rozporządzeniu w sprawie faktur elektronicznych mają zastosowanie jedynie do sytuacji gdy faktura jest zarówno wystawiana, przesyłana, jak i przechowywana w formie elektronicznej. Jeśli natomiast faktura będzie jedynie wystawiona i przesłana w formie elektronicznej, ale nie będzie w tej formie przechowywana, szczegółowe wymogi nie mają zastosowania. Zdaniem NSA, w takiej sytuacji, faktury mogą być więc przesyłane po prostu za pomocą poczty elektronicznej lub faksu, przy czym nabywca odbierający fakturę drogą elektroniczną powinien ją wydrukować i przechowywać w formie papierowej.
Nowa dyrektywa fakturowa i jej konsekwencje
Nowe regulacje uznają za fakturę elektroniczną każdą fakturę wystawioną i otrzymaną w dowolnym formacie elektronicznym, która zawiera wymagane dane. Zgodnie z nowym brzmieniem art. 233 dyrektywy 2006/112/WE, podatnicy powinni zapewnić autentyczność pochodzenia oraz integralność treści faktur. To jednak od firm ma zależeć, na jakie metody zabezpieczenia w tym zakresie się zdecydują. W szczególności, autentyczność pochodzenia oraz integralność faktur, można będzie zapewnić za pomocą dowolnych kontroli biznesowych, które ustalą wiarygodną ścieżkę audytu między fakturą a dokonaną dostawą towarów lub świadczeniem usługi.

2) Rozporządzenie Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawienia faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług z 28 listopada 2008 r. (Dz. U. Nr 212, poz. 1337, ze zm.)
3) Rozporządzenie Ministra Finansów w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur z 14 lipca 2005 r. (Dz. U. nr 133, poz. 1119).
4) Np. WSA w Warszawie w wyroku z 27 września 2007 r. (sygn. III SA/Wa 1054/07), z 3 listopada 2008 r. (sygn. III SA/Wa 1034/08) i z 26 stycznia 2009 r. (sygn. III SA/Wa 1870/08); WSA w Krakowie z 15 stycznia 2010 r. (sygn. I SA/Kr 1642/09).
5) NSA z 26 lutego 2009 r. (sygn. I FSK 1612/07).
7) NSA z 20 maja 2010 r. (sygn. I FSK 1444/09).
8) Dyrektywa Rady 2010/45/UE z 13 lipca 2010 r. zmieniająca dyrektywę 2006/112/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej w odniesieniu do przepisów dotyczących fakturowania (Dz.U.UE L z 22 lipca 2010 r.).
- Faktury elektroniczne już w przyszłym roku, część 1
- Faktury elektroniczne już w przyszłym roku, część 2