Zgodnie ze stanowiskiem zajętym w niniejszym piśmie wprowadzenie w sprawie pakietów medycznych szczególnych rozwiązań prawnych (np. abolicji) byłoby krzywdzące wobec tych płatników i podatników, którzy pobierali i opłacali podatek z tego tytułu (zgodnie z interpretacjami fiskusa). Dodatkowo wskazano, iż jeżeli płatnicy mieli wątpliwości co do obowiązku pobierania zaliczek na podatek od przedmiotowych świadczeń, mogli występować z wnioskiem o wydanie indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego. Zdaniem Ministerstwa Finansów jeżeli płatnicy, którzy mimo wątpliwości co do tego, czy powinni pobierać zaliczki na podatek, czy też nie powinni pobierać zaliczek od świadczeń w postaci abonamentów medycznych, nie wystąpili o interpretację indywidualną i zdecydowali się nie pobierać zaliczek od tych świadczeń, ponieśli ryzyko, którego wielkość musieli oszacować. Treść uchwały siedmiu sędziów NSA z dnia 24 maja 2010 r. przekonuje, iż ryzyko to się nie opłaciło. W opinii Ministerstwa Finansów powyższe argumenty przesądzają o tym, iż „niezbędne będzie poniesienie przewidzianych prawem konsekwencji” przez podatników i płatników podatku dochodowego od osób fizycznych.
W tym miejscu warto przypomnieć, iż uchwałą z dnia 24 maja 2010 r. NSA uznał, iż: ˝Wykupione przez pracodawcę pakiety świadczeń medycznych, których wartość nie jest wolna od podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 11 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176, z późn. zm.), stanowią dla pracowników, uprawnionych do ich wykorzystania, nieodpłatne świadczenie w rozumieniu art. 12 ust. 1 tej ustawy˝. Natomiast w uzasadnieniu do niniejszego orzeczenia stwierdzono, iż „sama możliwość skorzystania z usług medycznych posiada istotny wymiar finansowy, czego dowodzi także szybko rosnąca popularność pakietów medycznych. Gdyby pracownik ową możliwość chciał zapewnić sobie samodzielnie, musiałby wykupić abonament, płacąc za niego częstokroć więcej niż kwota wydatkowana przez pracodawcę w przeliczeniu na jednego uprawnionego zatrudnionego. Nie budzi zatem wątpliwości, że pracownik nabywający dzięki pracodawcy możliwość nieodpłatnego korzystania z prywatnej opieki medycznej, otrzymuje przysporzenie majątkowe˝.
Stanowisko Ministerstwa oznacza dla wielu firm obowiązek korekt złożonych wcześniej deklaracji w zakresie podatku dochodowego oraz konieczność uregulowania powstałych zaległości w podatku dochodowym od osób fizycznych oraz zaległych składek ZUS.
