W większości przypadków organy podatkowe stoją na stanowisku, że w sytuacji gdy wynagrodzenie za udzielenie kredytu kupieckiego naliczane jest przez sprzedawcę z góry (tj. w chwili dokonania dostawy towaru/świadczenia usługi), stanowi ono jedynie składnik wynagrodzenia za świadczenie główne, jakim jest dostawa towarów/świadczenie usług, w związku z którymi taki kredyt jest udzielany. Wówczas kredyt kupiecki nie stanowi odrębnej usługi pośrednictwa finansowego, która podlega zwolnieniu z VAT, lecz jest opodatkowany stawką właściwą dla świadczenia głównego. Nie jest też istotne, czy odsetki ujęte są jako odrębna pozycja na fakturze, czy też udokumentowane oddzielną fakturą. Stanowisko to organy podatkowe opierają na interpretacji art. 29 ust. 1 ustawy VAT, uznając, że podstawą opodatkowania jest obrót, czyli kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku, która obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy, a zatem również odsetki od odroczonej płatności za dostawę towarów czy świadczenie usług.
Można jednak spotkać też stanowisko, że odsetki od kredytu kupieckiego należy traktować jak wynagrodzenie za odrębną od podstawowej sprzedaży usługę finansową, zwolnioną z VAT. Tak uznał m.in. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z 4 czerwca 2009 r. (nr IPPP2/443-491/09-2/AS) oraz Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji z 4 grudnia 2008 r. (nr ILPP2/443-809/08-4/GZ).
Bardzo wyraźne stanowisko w tej kwestii wyraził natomiast Europejski Trybunał Sprawiedliwości (wyrok w sprawie C-281/91). W wyroku tym Trybunał wskazał, iż co do zasady odsetki pobierane przez sprzedawcę za odroczenie płatności stanowią wynagrodzenie za usługę finansową zwolnioną z VAT. Jednakże w sytuacji, gdy termin płatności odroczony jest (a co za tym idzie, odsetki naliczane są) jedynie do dnia realizacji dostawy lub wykonania usługi, odsetki stanowią część wynagrodzenia za dostawę towarów/świadczenie usług, za które zapłata jest odraczana, nawet jeśli wynagrodzenie za odroczenie ustalone jest w umowie odrębnie.
W świetle stanowiska Trybunału organy podatkowe niesłusznie jak się wydaje uznają więc, że sam fakt naliczenia odsetek z góry (w chwili dostawy towaru/świadczenia usługi) oznacza konieczność uwzględnienia kwoty odsetek w obrocie z tytułu tej sprzedaży, zwłaszcza w sytuacji gdy płatność jest odroczona na okres przypadający już po dostawie towaru/świadczeniu usługi.
Warto w tym miejscu wspomnieć również o planowanych zmianach w dyrektywie 2006/112/WE oraz w rozporządzeniu wykonawczym do niej a dotyczących opodatkowania usług ubezpieczeniowych i finansowych.
Proponowany, nowy ust. 1c w art. 135 dyrektywy przewiduje, iż jeżeli dostawa towarów lub usług obejmuje udzielenie kredytu, które nie jest osobno określone, udzielenie kredytu nie jest traktowane jako oddzielna usługa zwolniona na mocy ust. 1 lit. b. A contrario, usługa kredytu określona oddzielnie powinna być traktowana jako usługa finansowa zwolniona z VAT. Zapis ten nie przeczy więc dotychczasowej linii orzeczniczej Trybunału w tym zakresie, lecz jedynie wskazuje na konieczność osobnego określenia usługi kredytu w celu uznania jej za odrębną usługę finansową.
Wątpliwości mogą natomiast wiązać się z art. 3 ust. 2 projektu ww. rozporządzania wykonawczego, który zawiera doprecyzowanie definicji „udzielenia kredytu”. Zgodnie z nim nie obejmuje ona m.in. kategorii umów przewidujących płatność w ratach lub płatność z odroczonym terminem płatności w zamian za dostawę towarów lub usług. Wydaje się, że przepis ten poniekąd dubluje postanowienia dyrektywy. W każdym razie zawiera wyraźną wskazówkę, iż samo rozłożenie na raty lub odroczenie terminu płatności w umowie sprzedaży towarów i usług nie stanowi wystarczającej podstawy do identyfikowania w jej ramach dodatkowej transakcji udzielenia kredytu.
Niemniej aktualnie należy opierać się na wykładni Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, wedle której kredyt kupiecki co do zasady stanowi odrębną usługę finansową zwolnioną z VAT, a jedynie w sytuacji, gdy płatność odroczona jest do momentu dostawy towaru/świadczenia usługi, stanowi część składową świadczenia głównego i podlega stawce VAT właściwej dla tego
świadczenia głównego.