Stan faktyczny oraz stanowisko NSA
Organy podatkowe określiły podatnikowi wysokość zobowiązania w VAT. Nie zgodziły się m.in. z poglądem podatnika, iż decyzje w sprawie zostały wydane po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. W ocenie organów przed wydaniem decyzji podatnik uiścił na rachunek urzędu skarbowego kwoty odpowiadające wysokości zobowiązania podatkowego. W tej sytuacji zobowiązanie to wygasło wskutek zapłaty, a nie z powodu upływu okresu przedawnienia. Oznacza to, że ponieważ termin przedawnienia już nie biegnie, organ podatkowy może w każdym czasie wydać jedną z decyzji wymienionych w art. 223 § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej, nie może jedynie określić podatku w kwocie wyższej od zapłaconej.

WSA w Opolu uchylił wydane w sprawie decyzje. NSA, w ramach rozpatrywania skargi kasacyjnej wniesionej przez organ uznał, że w sprawie występuje istotne zagadnienie prawne i zwrócił się do poszerzonego składu tego sądu o wyjaśnienie, czy po upływie terminu przedawnienia jest dopuszczalne prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego, które wygasło przez zapłatę.

Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów uznał, że w świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r. po upływie terminu przedawnienia nie jest dopuszczalne prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej).

Teza
Na podstawie uzasadnienia omawianego orzeczenia można sformułować następującą tezę:
„W świetle art. 70 § 1 i art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r. po upływie terminu przedawnienia nie jest dopuszczalne prowadzenie postępowania podatkowego i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego, które wygasło przez zapłatę (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej).”

Komentarz
Zgodnie z art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe wygasa na skutek jego zapłaty. Na tle tego przepisu w orzecznictwie sądowym przyjmuje się, że skoro zobowiązanie wygasa na skutek zapłaty, to po zapłacie podatku nie może wygasnąć po raz kolejnym, a zatem po dokonaniu zapłaty nie biegnie już w stosunku do niego termin przedawnienia.

Powyższa konkluzja nie prowadziła jednakże do jednolitych wniosków w zakresie uprawnień organów podatkowych przysługujących im po zapłacie podatku przez podatnika. W tym zakresie w wyroku NSA z dnia 26 marca 2010 roku, sygn. akt II FSK 1716/08 stwierdzono, że po zapłacie podatku termin przedawnienia już nie biegnie, a organ odwoławczy w czasie praktycznie nieograniczonym może wydać jedną z decyzji wymienionych w art. 233 § 1 i § 2, umożliwiając podatnikowi uzyskanie zwrotu nadpłaconego podatku, przy czym organ odwoławczy nie może jedynie określić podatku w kwocie wyższej od zapłaconej, bo w tym zakresie – wobec braku zapłaty – zobowiązanie wygasło na skutek przedawnienia.

W prezentowanej uchwale NSA zajął odmienne stanowisko, potwierdzając w istocie poglądy wyrażone wcześniej w wyroku siedmiu sędziów NSA z dnia 28 czerwca 2010 roku, sygn. akt I FPS 5/09. Otóż zgodnie ze stanowiskiem NSA po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, które wygasło wcześniej na skutek jego zapłaty, organy podatkowe nie mogą prowadzić postępowania podatkowego w tym zakresie, a tym bardziej wydać w stosunku do podatnika decyzji wymiarowej. Jest tak niezależnie od tego, czy ewentualna decyzja byłaby dla podatnika korzystna, gdyż prowadziłaby do obniżenia wysokości jego zobowiązania podatkowego.