Stan faktyczny oraz stanowisko NSA
Organy określiły podatnikowi nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za maj 2001 r. kwestionując prawidłowość dokonanych przez niego rozliczeń.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził nieważność decyzji wydanych przez organy obu instancji stwierdzając, iż w sprawie doszło do przedawnienia. W ocenie Sądu w sytuacji, gdy z uwagi na upływ terminu przedawnienia nie jest za dany okres możliwe określenie zobowiązania w podatku od towarów i usług, nie jest też możliwe określenie podatku naliczonego. W konsekwencji niedopuszczalna jest także zmiana sposobu rozliczenia tego podatku.

Pogląd Sądu I instancji podzielił NSA. Wskazał, że upływ terminu przedawnienia powoduje, iż za dany okres rozliczeniowy nie jest możliwe określenie nie tylko wysokości zobowiązania podatkowego, lecz także wprowadzanie zmian w zakresie poszczególnych elementów konstrukcyjnych podatku od towarów i usług, w tym wysokości podatku naliczonego względem zadeklarowanej przez podatnika. Niemożliwa jest więc modyfikacja kwoty nadwyżki podatku naliczonego podlegającej przeniesieniu na kolejne okresy rozliczeniowe.

Teza
Na podstawie uzasadnienia prezentowanego orzeczenia można sformułować następującą tezę:
„Przepis art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej dotyczący przedawnienia zobowiązań podatkowych ma zastosowanie do należności z tytułu nienależnego zwrotu podatku od towarów i usług.”

Komentarz
W prezentowanym wyroku NSA podtrzymał dotychczas prezentowane stanowisko, iż instytucja przedawnienia zobowiązania podatkowego odnosi się nie tylko do samej wysokości tego zobowiązania, lecz – w przypadku podatku od towarów i usług – ma ona także zastosowanie do możliwości modyfikowania nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy lub do bezpośredniego zwrotu na rachunek bankowy podatnika.

Przedmiotowa kwestia została pierwotnie rozstrzygnięta w uchwale składu siedmiu sędziów NSA z dnia 29 czerwca 2009 r. sygn. akt I FPS 9/08. NSA doszedł w niej do przekonania, iż art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie do należności z tytułu nienależnego zwrotu podatku od towarów i usług. Przyjęcie innego poglądu, tj. dokonanie zróżnicowania zasad przedawnienia wyników rozliczeń podatkowych podatników VAT w zależności od tego, czy wystąpi u nich zobowiązanie podatkowe, czy też kwota zwrotu różnicy podatku, prowadziłoby do rezultatów sprzecznych z Konstytucją, a w szczególności z zasadą demokratycznego państwa prawa, zasadą równości i sprawiedliwości. W uchwale tej Sąd wskazał także, iż termin przedawnienia kwoty zwrotu różnicy podatku zaczyna biec od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin zwrotu podatku, czyli z pierwszym dniem następnego roku, a kończy się z upływem 5 lat.

Rozstrzygnięcie podjęte przez NSA w omawianym orzeczeniu ma niewątpliwie charakter zabezpieczający interesy podatników. Przyjęta w nim wykładnia przepisów Ordynacji podatkowej powoduje bowiem, iż okres swoistej „niepewności”, związany z możliwością zakwestionowania dokonanych przez podatników rozliczeń, w ramach których wykazali oni kwoty VAT do zwrotu lub do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, ulega ograniczeniu na zasadach analogicznych do tych, które mają zastosowanie do kwoty zobowiązania podatkowego. W konsekwencji po okresie 5 lat w stosunku do tych kwot następuje przedawnienie, co oznacza, iż organy podatkowe nie są władne do skorygowania zadeklarowanych przez podatników rozliczeń. Z całą pewnością stanowisko zajęte przez NSA zarówno w omawianym wyroku jak i wspomnianej uchwale przyczynia się do zwiększenia bezpieczeństwa prowadzenia działalności gospodarczej a przez to do zrealizowania konstytucyjnych zasad ustrojowych państwa.