Analizując kwestię opodatkowania zbycia nieruchomości mieszkaniowej podatkiem od czynności cywilnoprawnych należy zwrócić uwagę, iż opodatkowaniu tym podatkiem, zgodnie z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, podlegają umowy sprzedaży oraz zamiany rzeczy i praw majątkowych. Natomiast na mocy art. 2 ust. 4 cytowanej ustawy nie podlegają temu podatkowi czynności cywilnoprawne, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub jest z niego zwolniona, z wyjątkiem umów sprzedaży i zamiany zwolnionych z podatku od towarów i usług, których przedmiotem są nieruchomości lub ich części albo prawo użytkowania wieczystego.

Uwzględniając przytoczone przepisy należy zwrócić uwagę, iż opodatkowanie (lub jego brak) sprzedaży nieruchomości podatkiem od czynności cywilnoprawnych jest uzależnione bezpośrednio od sposobu opodatkowania tej transakcji podatkiem VAT. Bowiem w braku opodatkowania lub zwolnienia danego zbycia nieruchomości podatkiem od towarów i usług, powstanie obowiązek zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych według stawki w wysokości 2%, który to podatek
zostanie pobrany przez notariusza przy sporządzeniu aktu notarialnego przenoszącego własność nieruchomości.

Nie będzie opodatkowana podatkiem VAT jedynie sprzedaż nieruchomości przez osobę fizyczną. Natomiast ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem VAT będzie można skorzystać jedynie w sytuacji, gdy pomiędzy pierwszym zasiedleniem nieruchomości a jej sprzedażą minął okres co najmniej 2 lat (art. 41 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT) lub w sytuacji, gdy przy nabyciu nieruchomości zbywca nie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego oraz nakłady inwestycyjne dokonane na nieruchomości w ciągu ostatnich 5 lat nie przekroczyły 30% wartości początkowej nieruchomości (art. 41 ust. 1 pkt 10a ustawy o VAT).

W innych przypadkach sprzedaż nieruchomości mieszkaniowej będzie opodatkowana podatkiem VAT, według stawki 7% do limitu powierzchni użytkowej, który wynosi dla lokali mieszkalnych 150 m2,, a dla domów jednorodzinnych 300 m2, a tym samym nie powstanie obowiązek zapłaty podatku od czynności cywilnoprawnych.