W rzeczywiści pojawiają się liczne wątpliwości podatkowe, w zakresie prawidłowego rozliczenia powyższych transakcji.
W praktyce rynkowej istnieją obecnie dwa podejścia zmierzające do ustalenia skutków podatkowych powyższych transakcji.
Pierwsze z nich zakłada traktowane transakcji Repo / Reverse Repo dla celów podatkowych zgodnie z cywilistycznym podejściem tj. każdorazowo jako sprzedaż i zakup papierów wartościowych. Konsekwentnie podatnik rozpoznaje w momencie zawarcia transakcji Repo dochód w wysokości wartości rynkowej sprzedawanych papierów wartościowych oraz koszty uzyskania przychodów w momencie zawarcia transakcji Reverse Repo, w wysokości wydatków na nabycie przedmiotowych papierów wartościowych zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT (które podlegają aktywacji na dzień odsprzedaży papierów wartościowych).
Drugie podejście, zgodne z ugruntowaną praktyką organów podatkowych, zakłada traktowanie transakcji Repo / Reverse Repo na zasadach analogicznych jak umowa pożyczki. Zdaniem Ministra Finansów (np. wyrażonego w Interpretacji indywidualnej z dnia 23 września 2011 r. sygn. DD6/033/70/SOH/PK-961/11), istota tych transakcji polega na pozyskiwaniu krótkoterminowego finansowania zabezpieczonego dłużnymi papierami wartościowymi oraz w oznaczonym w umowie terminie zwrocie finansowania wraz z wynagrodzeniem w postaci odsetek, za udzielone finansowanie.
Zastosowanie któregokolwiek z powyższych podejść generuje odmienne skutki podatkowe w zakresie metodologii rozliczania transakcji typu Repo / Revese Repo w czasie. Ponadto w przypadku zakwalifikowania powyższych transakcji jako umowa pożyczki, pojawiają się pytania o odpowiednie stosowanie przepisów dotyczących obowiązku podatnika jako płatnika zryczałtowanego podatku dochodowego z tytułu płatności na rzecz nierezydentów w formie odsetek („podatek u źródła”) oraz poziomu zadłużenia, w przypadku transakcji z podmiotami powiązanymi (tzw. niedostateczna kapitalizacja).