Spółka prowadziła działalność gospodarczą w zakresie usług reklamowych, świadcząc usługi na podstawie umów zawieranych z kontrahentami krajowymi i zagranicznymi. W związku ze specyfiką branży, ceny za świadczone usługi ulegały częstym zmianom, które nie były do przewidzenia w dniu zawierania umowy. Częstokroć, już po wykonaniu usługi, wystawieniu faktury i otrzymaniu wynagrodzenia powstawały okoliczności skutkujące podwyższeniem ceny za wyświadczoną usługę (np. z powodu zmiany postanowień umowy łączącej Spółkę i kontrahenta). Okoliczności były uzależnione od wielu zewnętrznych czynników, w związku z czym nie było możliwe ich przewidzenie w chwili wystawienia faktury pierwotnej. Spółka nie dysponowała wiedzą, czy cena zostanie podwyższona, bowiem podwyższenie to wynikało ze zdarzeń przyszłych i niepewnych. W konsekwencji po podwyższeniu ceny Spółka była zobowiązana wystawić fakturę korygującą a kontrahent uiścić różnicę ceny.

Spółka uważała, iż w takiej sytuacji jest uprawniona do rozliczenia podwyższonej kwoty obrotu i podatku należnego w okresie, w którym zaistniała przyczyna tego podwyższenia, czyli w miesiącu wystawienia faktury korygującej. Organ podatkowy przyjął, że w przypadku, gdy dokonana korekta spowoduje zwiększenie kwoty podatku należnego, powinna być ona rozliczona w okresie rozliczeniowym, w którym powstał obowiązek podatkowy z tytułu wykonania usługi (dostawy towaru), bez względu na przyczynę korekty.

Przepisy obowiązującego prawa nie wskazują bezpośrednio i w sposób jednoznaczny momentu, w którym powinna być dokonana korekta zwiększająca kwotę podatku należnego VAT. Niemniej jednak wysokość zobowiązania podatkowego jest kształtowana nie tylko poprzez obowiązek podatkowy, ale także podstawę opodatkowania. Ta z kolei uzależniona jest od kwoty należnej – jeśli natomiast dana kwota nie jest należna w danym okresie rozliczeniowym, to trudno tu mówić, iż podstawa opodatkowania VAT, a tym samym i zobowiązanie podatkowe za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy, było obliczone nieprawidłowo.

Z tego też względu Sąd podkreślił, iż w przypadku, gdy przyczyna korekty powstaje w terminie późniejszym (np. następuje uzgodniona zmiana ceny) korekta in plus powinna zostać ujęta na bieżąco tj. w rozliczeniu za okres, w którym powstała przyczyna korekty, gdyż faktura była wystawiona poprawnie i w przyszłości nie doszło do zaniżenia podatku należnego. Sytuacja taka może wystąpić w przypadku istnienia uzgodnień umowy między stronami.

W orzecznictwie sądów administracyjnych podkreśla, iż celem wystawienia faktur korygujących jest doprowadzenie faktury pierwotnej do stanu odpowiadającego rzeczywistości. Faktury pierwotne mogą nie odpowiadać rzeczywistości na skutek zdarzeń, które miały miejsce już po ich wystawieniu, lub na skutek nieuwzględnienia zdarzeń występujących w dacie ich wystawienia. Sposób rozliczenia faktury korygującej podwyższającej podatek należny wykazany na fakturze pierwotnej zależy od przyczyny dokonania korekty faktury. Podatnik nie powinien ponosić niekorzystnych skutków podatkowych z powodu wystąpienia zdarzeń, których nie może przewidzieć w dacie wystawiania faktury pierwotnej (Wyrok WSA w Warszawie z 5.06.2009 r. sygn. akt III Sa/Wa 424/09). Wynika to przede wszystkim  z faktu, iż pierwotne zobowiązanie zostało przez podatnika obliczone i wykazane w prawidłowej wysokości.

Sposób rozliczania faktury korygującej został również potwierdzony wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5.02.2009 r. o sygn. akt I FSK 1874/08. NSA stwierdził, iż w przypadku gdy faktura pierwotna była wystawiona prawidłowo, a konieczność wystawienia faktury korygującej wiązała się z okolicznościami, które zaistniały już po dokonaniu pierwotnej sprzedaży, korektę rozlicza się na bieżąco. Dotyczy to przykładowo podwyższenia ceny po wystawieniu faktury.

Podatnik powinien być chroniony przed negatywnymi konsekwencjami w postaci odsetek od zaległości podatkowych, w sytuacji, gdy prawidłowo wykazał całą kwotę należną w momencie wystawienia faktury pierwotnej w chwili powstania obowiązku podatkowego, a zwiększenie podatku należnego VAT nastąpiło na skutek zdarzeń niemożliwych do przewidzenia w dacie wykonania usługi. Najważniejszą zasadą jest zaufanie obywatela do państwa i stanowionego przez nie prawa.