Cel ten został osiągnięty, jednakże nie zawsze jasne i często zmieniane przepisy rozporządzenia przy rygorystycznej interpretacji organów podatkowych ciągle jeszcze stwarzają w praktyce problemy przedsiębiorcom.

Jednym z istotnych źródeł sporów pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi jest niejasne określenie zakresu stosowania kas rejestrujących o którym mowa w art. 111 ust. 1 . Przepis ten nakłada obowiązek ewidencjonowania obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących a dotyczy podatników dokonujących sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej. W konsekwencji istnieją poważne wątpliwości czy należy ewidencjonować za pomocą kas rejestrujących nieodpłatne przekazania towarów w ramach różnych akcji marketingowych.

Po pierwsze można argumentować, iż obowiązek ten nie występuje z uwagi na brak „obrotu”, który zgodnie z definicją występuje jedynie w przypadku wykonywania czynności odpłatnych. Obrotem jest bowiem kwota należna z tytułu sprzedaży  a w przypadku czynności nieodpłatnych, w tym określonych w art. 7 ust. 2 ustawy o VAT, nie występuje kwota należna.

Ponadto z reguły przekazania towarów w promocjach są związane z prowadzonym przedsiębiorstwem i jako takie nie powinny być uznawane za sprzedaż i podlegać opodatkowaniu VAT. Tutaj na przeszkodzie stoi jednak konsekwentne stanowisko organów podatkowych o konieczności opodatkowania takich przekazań pomimo coraz liczniejszych wyroków sądów administracyjnych uchylających decyzje fiskusa.

W praktyce organy podatkowe dopuszczają jedynie zwolnienie z obowiązku ewidencjonowania za pomocą kas fiskalnych nieodpłatnych przekazań drukowanych materiałów reklamowych i informacyjnych, prezentów małej wartości (cena jednostkowa niższa niż 5 zł.), próbek ewentualnie prezentów o łącznej wartości obdarowanych ( tak np. interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie  IP-PP2-443-679/07-2/SAP z 13 lutego 2007  r.

Problem ten szczególnie dotyka przedsiębiorców, które z reguły nie kierują swojej sprzedaży do osób fizycznych a podejmując różne działania marketingowe stają przed koniecznością zakupu i instalowania kas fiskalnych. Ponadto nawet jeśli przedsiębiorca zdecydowałby się na zainstalowanie kasy fiskalnej dla celów ewidencji nieodpłatnych wydań towarów to dużą uciążliwością byłoby dla niego dołączanie do wydawanych gadżetów paragonów z kasy fiskalnej, na których musiałyby znaleźć się informacje o cenie towaru i kwocie podatku.

Obowiązek rejestrowania sprzedaży za pomocą kas stwarza kłopoty podatnikom zajmującym się sprzedażą wysyłkową. Co prawda w większości przypadków sprzedawca może skorzystać ze zwolnienia z obowiązku ewidencjonowania, jednakże zwolnienie nie ma zastosowania m.in. przy dostawie nagranych płyt CD, DVD kart pamięci oraz części do pojazdów mechanicznych i silników itp. Oznacza to, iż podatnicy zajmujący się w sieci handlem tymi towarami muszą zakupić kasę fiskalną i wysłać paragon wraz z towarem do klienta.

Istotną uciążliwością dla podatników jest obowiązek drukowania na papierze i przechowywania kopii paragonów z kas fiskalnych przez 5 letni okres. W praktyce aby spełnić wymagania określone w rozporządzeniu, duże sklepy i sieci handlowe muszą przeznaczać osobne powierzchnie magazynowe dla celów przechowywania kopii paragonów. Co prawda Minister Finansów przewidział możliwość skrócenia okresu przechowywania papierowych dokumentów do 6 miesięcy pod warunkiem przechowywania kopii dokumentów kasowych na informatycznych nośnikach, jednakże wdrożenie tego rozwiązania w praktyce jest bardzo utrudnione ze względu na szczególne warunki techniczne, które muszą spełniać w tym przypadku kasy fiskalne. Ponadto możliwość ta jest dostępna tylko dla podatników, którzy w ubiegłym roku wydali więcej niż 100 tys. paragonów fiskalnych.

Z uwagi na nietrwałość paragonów fiskalnych ich przydatność do wykorzystania dla celów kontroli wydaje się iluzoryczna, dlatego warto zastanowić się nad zniesieniem tego obowiązku.