Warto w tym miejscu zaznaczyć, że w świetle przepisów prawa podatkowego nie każda kwota otrzymana przed podatnika przed dokonaniem dostawy towarów, czy świadczenia usług powinna być traktowana jako zaliczka lub przedpłata. Przy omawianiu zagadnienia zaliczek oraz przedpłat należy zwrócić uwagę na stanowisko prezentowane w tej kwestii przez Europejski Trybunał Sprawiedliwości w precedensowym wyroku z dnia 21 lutego           2006 r. w sprawie BUPA Hospitals Ltd., Goldsborough Developments Ltd przeciwko Commissioners (sygn. C-419/02), w którym to orzeczeniu ETS uznał, iż „zapłata następująca przed wykonaniem dostawy nieokreślonych towarów rodzajowo wykazanych na liście, z której nabywca może w przyszłości wybrać jeden lub kilka artykułów albo nie wybrać żadnego, w okolicznościach gdzie nabywca może w każdym razie zawsze jednostronnie wypowiedzieć umowę i odzyskać zapłaconą kwotę niewykorzystaną jeszcze do nabycia towarów wskazanych na liście, lecz niewyszczególnionych przez nabywcę, nie może być uznana za dokonaną przed wykonaniem dostawy towarów lub świadczenia usług, a zatem nie powoduje ona, iż podatek staje się wymagalny w momencie otrzymania płatności i od jej wysokości” .

Dodatkowo w omawianym orzeczeniu ETS podkreślił, że niezbędne jest to by w chwili dokonywania przedpłaty znane były stronom wszystkie istotne dane dotyczące przyszłej transakcji, z którą związana jest przedpłata. Tym samym za zaliczkę nie można uznać kwot wpłaconych na poczet nieokreślonych przyszłych dostaw towarów, czy też świadczenia usług. Na powyższe wskazuje również treści § 10 ust. 4 pkt 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2008 r. Nr 212, poz. 1337), zgodnie z którym jednym z elementów, które powinny znajdować się na fakturze potwierdzającej zapłatę zaliczki jest wskazanie umowy lub zamówienia, którego dotyczy zaliczka, jak również towarów lub usług na poczet których kwota ta jest uregulowana. Należy zaznaczyć, że aby mówić o zaliczce środki pieniężne muszą zostać otrzymane w związku z określoną przyszłą transakcją. Transakcja, na poczet której podatnik otrzymuje zaliczkę, powinna być skonkretyzowana zarówno co do rodzaju (dostawa towarów czy też świadczenie usług), jej przedmiotu (jakie konkretne towary lub usługi będą przedmiotem dostawy), jak i należnego wynagrodzenia. W przypadku gdy podatnik otrzymuje określoną przedpłatę na poczet nieokreślonych jeszcze przyszłych transakcji, wówczas taka zapłata nie stanowi zaliczki.

Podobnej argumentacji użyto w orzeczeniu Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29 lipca 2009 r. (sygn. akt I FSK 932/08), zgodnie z którym „(…) dla uznania wpłaconej kwoty jako zaliczki na poczet wykonanych usług, w rozumieniu art. 19 ust. 11 ustawy o VAT istotnym jest, aby przyszłe świadczenie było określone w sposób jednoznaczny co do rodzaju towaru bądź usługi, tzn. w sposób umożliwiający ich identyfikację, a dodatkowo strony tego świadczenia, w momencie wpłaty zaliczki, nie mają woli dokonywania jego zmian w przyszłości” .

Tym samym w celu zmniejszenia ryzyka podatkowego związanego z rozliczeniem zaliczki należy na wystawionej fakturze odnieść się do umowy lub zamówienia, którego zaliczka dotyczy, jak również wskazać cel jej przeznaczenia, czyli towarów lub usługę, którego dotyczy. W przeciwnej sytuacji organy podatkowe mogą dojść do wniosku, że wspomniana zapłaty pełniła rolę nadpłaty, która będzie opodatkowana dopiero z chwilą założenia konkretnego zamówienia, a więc według wyższych stawek VAT.