Z wymienionych w pkt. 1-3 sytuacji najczęściej w obrocie występuje nabycie przedsiębiorstwa lub zorganizowanej czyści w drodze kupna. Nabycie przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części przez podatników podatku dochodowego od osób prawnych, wiąże się z powstaniem tzw. wartości firmy. Zgodnie z ustawą wartość firmy pojawia się w sytuacji, gdy wartość rynkowa składników majątkowych wchodzących w skład kupionego, przyjętego do odpłatnego korzystania lub wniesionego do spółki przedsiębiorstwa (jego zorganizowanej części) jest niższa niż cena nabycia przedsiębiorstwa. Dla potrzeb CIT, składnikami majątkowymi są aktywa w rozumieniu ustawy o rachunkowości, pomniejszone o przejęte długi funkcjonalnie związane z prowadzoną działalnością gospodarczą zbywcy, o ile długi te nie zostały uwzględnione w cenie nabycia przedsiębiorstwa (jego zorganizowanej części). Definicja składników majątkowych znajduje się w art. 4a pkt 2 ustawy.
Wskazując zasady obliczania wartości początkowej firmy dla potrzeb amortyzacji ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych, jednocześnie nie określa jak wartość firmy rozumieć. W praktyce przyjmuje się, że jest to nieznajdująca pokrycia w wartości rynkowej składników majątkowych przedsiębiorstwa swego rodzaju wartość dodana, która wynika m.in. z portfela klientów, pozycji, rozpoznawalności na rynku, renomy, itp. W tym miejscu Warto wspomnieć, iż w odróżnieniu od przepisów ustawy o rachunkowości, ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych nie wprowadza pojęcia „ujemnej wartości firmy”. W art. 16g ust. 10 pkt 1 ustawy pojawia się termin „dodatnia wartość firmy”, który należy rozumieć jako wartość firmy dla celów CIT jako taką – każda wartość firmy, powstała według art. 16g ust. 2 ustawy będzie „dodatnią” wartością firmy.
Okres dokonywania odpisów amortyzacyjnych od wartości firmy nie może być krótszy niż 60 miesięcy. Co do zasady zatem, wartość firmy może zostać odniesiona w koszty uzyskania przychodów w ciągu minimalnie pięciu kolejnych lat podatkowych, jakkolwiek czas amortyzacji może być dłuższy i jednocześnie nie jest uzależniony od przewidywanego okresu używania. Stawka amortyzacji wartości firmy musi zostać ustalona przez podatnika przed rozpoczęciem dokonywania odpisów amortyzacyjnych, ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych nakłada obowiązek jej stosowania przez cały okres amortyzacji. Wyjątkiem jest amortyzacja wartości firmy powstałej w wyniku przyjęcia przedsiębiorstwa (jego zorganizowanej części) do odpłatnego korzystania, na podstawie przepisów o komercjalizacji i prywatyzacji, jeśli umowa zakłada możliwość późniejszego zakupu tego przedsiębiorstwa. W takim przypadku stawki amortyzacyjne ustala się w proporcji do okresu wynikającego z umowy.
