Zagadnienie to może mieć istotne znaczenie praktyczne, jako że można spotkać się z sytuacjami, w których dany grunt, choć w praktyce wykorzystywany jest na cele rolnicze (np. ze względu na długoterminowe dzierżawy), w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego został już przekwalifikowany (np. na grunt pod zabudowę przemysłową). W takich sytuacjach powstaje pytanie, czy dzierżawa takiego gruntu powinna być opodatkowana VAT, czy też zwolniona z opodatkowania.

Można napotkać dwa poglądy w tej kwestii. Zgodnie z pierwszym, decyduje faktyczne przeznaczenie gruntu, wynikające np. z umowy dzierżawy i z rzeczywistego sposobu wykorzystania danego gruntu. Za takim stanowiskiem opowiedział się np. Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy, w indywidualnej interpretacji prawa podatkowego z dnia 26.08.2009 r. (sygn. ITPP1/443-526/09/IK), stwierdzając, że „dla określenia celu przeznaczenia gruntu istotny jest sposób jego wykorzystania, wynikający w treści umowy dzierżawy” (niezależnie od przeznaczenia w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego).

Odmienne stanowisko zajął np.  WSA w Krakowie w wyroku z dnia  16.05.2008 r. (sygn I SA/Kr 1513/07), który, rozstrzygając podobna sprawę stwierdził, iż „należy w pierwszym rzędzie za miarodajne uznać przepisy ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym” (a co za tym idzie, decyduje przeznaczenie określone w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego – przyp. autora).

W moim przekonaniu trafny jest pogląd, wyrażony przez WSA w Krakowie. Przede wszystkim, warto pamiętać, iż w samej ustawie o VAT, w kontekście zwolnienia z opodatkowania VAT zbycia gruntów, ustawa posługuje się pojęciem gruntu „przeznaczonego pod zabudowę” (art. 43 ust. 1 pkt 9). Przyjmuje się powszechnie, że „przeznaczenie”, o którym mowa w ustawie o VAT to przeznaczenie, wynikające z miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego (tak np. wyrok NSA z dnia 5.11.2009 r., sygn. I FSK 956/08). Nie ma zatem powodów, by zakładać, że sformułowaniu „przeznaczony”, ustawodawca chciał nadać inne znaczenie w ustawie, a inne w rozporządzeniu. Po drugie, wniosek, że pierwszorzędne znaczenie w omawianej kwestii ma miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego wynika z treści ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym. Jak wskazuje art. 15 ust. 2 pkt 1 tej ustawy, w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego określa się obowiązkowo przeznaczenie terenów. Treść przepisu, rozporządzenia, wprowadzającego zwolnienie z opodatkowania VAT dzierżawy gruntów „przeznaczonych na cele rolnicze” nie zawiera żadnych przesłanek, pozwalających twierdzić, że należy zignorować przeznaczenie wynikające z miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego i ocenić, czy zwolnienie przysługuje jedynie na podstawie faktycznego sposobu wykorzystania danego gruntu.