Z dniem 1 stycznia 2009 roku w ramach dostosowywania polskich przepisów do regulacji unijnych, wyłączono jednak niektóre transakcje z obowiązku uiszczania PCC. W wyniku tych zmian ustawy o PCC nie podlegają temu podatkowi między innymi:
- łączenie spółek kapitałowych (nawet jeżeli w wyniku tego połączenia dochodzi do podwyższenia kapitału zakładowego spółki),
- wniesienie do spółki kapitałowej, w zamian za jej udziały lub akcje, (i) oddziału spółki kapitałowej lub (i) udziałów lub akcji innej spółki kapitałowej dających w niej większość głosów albo kolejnych udziałów lub akcji, w przypadku, gdy spółka, do której są wnoszone, posiada już większość głosów.
Należy jednak zwrócić uwagę na fakt, że ustawodawca wyłączył co prawda z opodatkowania wniesienie „oddziału” spółki kapitałowej do innej spółki kapitałowej, jednak ani nie zdefiniował pojęcia oddziału, ani nie wyłączył wprost spod opodatkowania aportu przedsiębiorstwa. Tym samym, w praktyce może dochodzić do sporów z władzami skarbowymi co do zakresu obowiązywania zwolnienia.
W celu rozwiązania powyższych wątpliwości interpretacyjnych, trwają obecnie prace nad nowelizacją ustawy o PCC w tym zakresie. Uchwalona w dniu 18 lutego 2010 r. przez Senat ustawa o zmianie ustawy o PCC wprowadza zamiast pojęcia oddziału, przedsiębiorstwo spółki kapitałowej lub jego zorganizowanej części. Dzięki istnieniu szerokiej praktyki w stosowaniu tych ostatnich pojęć na płaszczyźnie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ryzyko potencjalnych sporów z organami podatkowymi w tym zakresie powinno się zmniejszyć.
