Kwestia możliwości uznania wydatków na podwyższenie kapitału zakładowego za koszt uzyskania przychodów jest wciąż sporna, zarówno na poziomie organów podatkowych jak i sądów administracyjnych. Organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych wciąż zajmują stanowisko, iż jako, że przychód otrzymywany na podwyższenie kapitału zakładowego nie jest opodatkowany, to wydatki poniesione na jego uzyskanie nie stanowią kosztu uzyskania przychodów. Zdaniem fiskusa o niemożności zaliczenia wydatków w rodzaju opłat notarialnych, kwoty podatku od czynności cywilnoprawnych oraz kosztów doradztwa i opłat sądowych decyduje art. 7 ust. 3 pkt 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej: „ustawa o pdop”) – nie bierze się bowiem pod uwagę przy ustalaniu podstawy opodatkowania kosztów uzyskania przychodów, które nie podlegają opodatkowaniu albo są wolne od podatku.

WSA w Warszawie w wyroku wydanym 28 października 2009 r. nie podziela powyższej argumentacji uznając, iż co do zasady podstawą uznania wydatków związanych z podwyższeniem kapitału zakładowego jest generalna klauzula wyrażona w art. 15 ustawy o pdop. Wydatkom tym nie sposób odmówić charakteru pośredniego, a co za tym idzie, powinny być one odniesione do kosztów uzyskania przychodów w dacie ich poniesienia.

Zdaniem Sądu odebranie spółce prawa do zaliczenia przedmiotowych wydatków do kosztów uzyskania przychodów w oparciu o art. 7 ust. 3 pkt 3 ustawy o pdop jest nieprawidłowe. Jakkolwiek bezsprzecznie wartości otrzymane przez spółkę na podwyższenie kapitału zakładowego nie stanowią przychodu, a więc nie są wartością opodatkowaną, ustawodawca rozmyślnie rozróżnił przychody niepodlegające opodatkowaniu (art. 2 ustawy o pdop) oraz przychody wolne od opodatkowania (art. 17 ustawy o pdop), jak również przychody niestanowiące przychodu (art. 12 ust. 4 ustawy o pdop). Uznać zatem należy, że art. 7 ust. 3 pkt 3 nie znajduje zastosowania w przedmiotowej sprawie, ponieważ nie odnosi się w żaden sposób do tej ostatniej kategorii przychodu, wskazując jedynie na przychody niepodlegające opodatkowaniu i zwolnione od opodatkowania.

Skoro zatem żaden z przepisów ustawy o pdop nie odmawia możliwości uznania wydatków związanych z podwyższeniem kapitału zakładowego za koszt uzyskania przychodów, wydatki te mogą być brane pod uwagę przy ustalaniu podstawy opodatkowania w oparciu o art. 15 ustawy o pdop.

Rozstrzygnięcie powyższe jest kolejnym głosem w dyskusji przemawiającym na korzyść podatników. Jakkolwiek organy podatkowe wciąż zajmują stanowisko negatywne i wykluczają możliwość zaliczenia np. podatku od czynności cywilnoprawnych do kosztów uzyskania przychodów, tak sądy administracyjne coraz częściej zajmują stanowisko pozytywne, korygując błędną wykładnię przepisów podejmowaną przez izby skarbowe. Omawiane orzeczenie wpisuje się w przyjętą przez niektóre WSA linię orzeczniczą, przyznającą podatnikom prawo do uznawania przedmiotowych wydatków do kosztów uzyskania przychodów (tak: III SA/Wa 1353/08 z 6.11.2008 r., III SA/Wa 1700/08 z 21.11.2008 r., III SA/Wa 1684/08 z 12.02.2009r., I SA/Kr 1564/08 z 27.02.2009 r., I SA/Gd 814/08 z 12.03.2009 r., I SA/Wr 320/09 z 25.06.2009 r., I SA/Wr 511/09 z 10.09.2009 r.)