Sprzedaż dokonywana z zastosowanie procedury VAT marża została uregulowana przez polskiego ustawodawcę w art. 119 oraz 120 ustawy o podatku od towarów i usług (dalej: ustawa o VAT). Według zasad VAT-marża powinny być opodatkowane usługi turystyki oraz dostawa towarów wymienionych w art. 120 ust. 1 ustawy o VAT, jak również towarów używanych. W przypadku opodatkowania transakcji w systemie VAT marża opodatkowaniu podatkiem VAT  podlega jedynie różnica pomiędzy ceną nabycia a ceną sprzedaży, a nie całość obrotów uzyskanych przez podatnika. Trzeba jednak pamiętać, iż w celu zastosowania tego szczególnego sposobu opodatkowania dostaw towarów konieczne jest, aby podatnik dokonał nabycia towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków od:

– osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, niebędącej podatnikiem, o którym mowa w art. 15, lub niebędącej podatnikiem podatku od wartości dodanej;

– podatników, o których mowa w art. 15, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113;

– podatników, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana zgodnie z ust. 4 i 5;

– podatników podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113;

– podatników podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem od wartości dodanej na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w ust. 4 i 5, a nabywca posiada dokumenty jednoznacznie potwierdzające nabycie towarów na tych zasadach.

Jednocześnie zgodnie z art. 120 ust. 15 ustawy o VAT, jeżeli podatnik oprócz zasad opodatkowania transakcji w systemie VAT marzą, stosuje również ogólne zasady opodatkowania, to jest on obowiązany prowadzić ewidencję zgodnie z art. 109 ust. 3, z uwzględnieniem podziału w zależności od sposobu opodatkowania. W odniesieniu do dostaw realizowanych w systemie VAT marża  ewidencja musi zawierać w szczególności kwoty nabycia towarów niezbędne do określenia kwoty marży, o której mowa w tych przepisach.

Należy również pamiętać, iż opodatkowanie dostaw z zastosowaniem procedury VAT marża będzie wymagało udokumentowanie tej transakcji za pomocą faktury VAT na zasadach określonych w  § 5 ust. 8 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 212, poz. 1337). Stosownie do tej regulacji prawnej w fakturach dokumentujących czynności, których podstawą opodatkowania jest marża, w miejsce oznaczenia „FAKTURA VAT” stosuje się oznaczenie „FAKTURA VAT marża” lub umieszcza się odesłanie odpowiednio do przepisów art. 120 ustawy lub art. 313 dyrektywy. Ponadto faktura VAT marża zawiera inne dane, które powinny znajdować się na zwykłej fakturze, oprócz wskazania stawek podatku VAT, wartości sprzedaży netto i brutto.