W będącej przedmiotem sporu sprawie spółka zwróciła się do Ministra Finansów o wydanie interpretacji indywidualnej w sprawie wykładni przepisów Dyrektywy 2006/112/WE w jej indywidualnej sprawie. Minister Finansów odmówił wszczęcia postępowania w sprawie udzielenia interpretacji indywidualnej argumentując, iż przepisy Dyrektywy 2006/112/WE nie są przepisami prawa podatkowego w rozumieniu art. 3 pkt 2 Ordynacji podatkowej. W ocenie organu, dyrektywy nie są ustawami podatkowymi, przepisami wykonawczymi wydanymi na podstawie ustaw podatkowych, jak również ratyfikowanymi przez Rzeczypospolitą Polską umowami o unikaniu podwójnego opodatkowania, czy też innymi umowami międzynarodowymi dotyczącymi problematyki podatkowej, o których mowa w tym przepisie.

Spółka złożyła skargę podnosząc zarzut naruszenia przez Ministra Finansów przepisów Konstytucji. Art. 87 ust. 1 i art. 91 ust. 1 Konstytucji wskazuje na zasadę pierwszeństwa prawa wspólnotowego, oraz potwierdza, że przepisy Dyrektywy 2006/112/WE są źródłem prawa polskiego, stanowiąc część polskiego porządku prawnego.

W ocenie Spółki z orzecznictwa ETS wynika, iż podatnik może skutecznie powoływać się na dyrektywę w sporze z państwem, kiedy przepisy dyrektywy mające zastosowanie w sprawie są bezwarunkowe i dostatecznie precyzyjne, a dyrektywa nie została prawidłowo implementowana i interpretacja taka jest korzystna dla podatnika. Zatem Minister Finansów miał obowiązek bezpośredniego zastosowania Dyrektywy 2006/112/WE, w związku z jej nieprawidłową implementacją do krajowego porządku prawnego. Nie ma przy tym żadnych podstaw do ograniczania tego obowiązku w przypadku wydawania interpretacji indywidualnych.

Sąd I instancji stwierdził w wyroku, że organ ma obowiązek stosować oraz interpretować ustawę w zgodzie z prawem wspólnotowym w celu zapewnienia temu prawu należytej efektywności. Zatem porównywanie postanowień ustawy o VAT z Dyrektywą 2006/112/WE jest obecnie istotną częścią tej interpretacji. Sąd podkreślił także, iż elementem wykładni prawa jest wypełnienie luk między wzorcem jakim jest dyrektywa a postanowieniami krajowej ustawy podatkowej powstałych wskutek nieprawidłowej lub niepełnej implementacji Dyrektywy.

Minister Finansów wniósł skargę kasacyjną. W wyroku z 11 marca 2010 r. o sygn. akt I FSK 61/09 NSA potwierdził, iż interpretacja przepisu art. 3 pkt 2 Ordynacji podatkowej nie budzi wątpliwości, iż przepisami prawa podatkowego są również dyrektywy wspólnotowe regulujące kwestie podatkowe. NSA w całości podzielił zatem argumenty Spółki uznając, iż przepisy dyrektyw  podatkowych są przepisami, które powinny być przedmiotem interpretacji Ministra Finansów.

Minister Finansów odmawiając zatem wydania interpretacji indywidualnej naruszył normy konstytucyjne. Organ podatkowy powinien ocenić, czy Spółka prawidłowo interpretuje i stosuje podatkowe przepisy wspólnotowe. W konsekwencji, Minister Finansów był zobowiązany dokonać interpretacji przepisów Dyrektywy 2006/112/WE.