Należy mieć przy tym na uwadze, iż w następstwie nowelizacji wprowadzona została do ustawy o VAT specjalna definicja podatnika na potrzeby stosowania przepisów o miejscu świadczenia usług. Oprócz podatników w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT, za takich uznaje się również osoby prawne niebędące podatnikami w rozumieniu ww. przepisu, zidentyfikowane do celów podatku lub podatku od wartości dodanej, jak również podatników w zakresie działalności lub transakcji nieuznawanych za podlegające opodatkowaniu VAT.

Usługi transportowe świadczone na rzecz podatnika opodatkowane są w miejscu, gdzie ich nabywca ma siedzibę lub stałe miejsce zamieszkania, a gdy są świadczone dla stałego miejsca prowadzenia przezeń działalności (oddział, zakład, filia etc.) – w tym miejscu. Natomiast w przypadku gdy usługobiorca nie posiada siedziby, stałego miejsca zamieszkania ani stałego miejsca prowadzenia działalności, wówczas miejscem świadczenia tych usług jest miejsce, w którym zwykle prowadzi on działalność gospodarczą lub w którym ma miejsce zwykłego pobytu.

Z powyższego wynika, iż po nowelizacji odstąpiono od wcześniej obowiązujących zasad, w myśl których dla określenia miejsca świadczenia usług transportowych istotna była trasa (odcinki) transportu i w rezultacie terytoria, przez które ona przebiega, względnie miejsce rozpoczęcia transportu lub kraj, który nadał nabywcy numer VAT UE, którym posłużył się on w transakcji – w przypadku wewnątrzwspólnotowej usługi transportu towarów (WUTT).

Jedynie w przypadku transportu pasażerskiego, bez względu na status usługobiorcy, a więc również w przypadku świadczenia ich na rzecz podatnika, aktualna pozostaje zasada opodatkowania w miejscu, gdzie transport się odbywa, z uwzględnieniem pokonanych odległości.

Zatem usługi transportowe świadczone na rzecz polskiego podatnika będą opodatkowane w całości na terytorium Polski, nawet gdy wykonywane są w całości poza terytorium kraju. Podobnie samo podanie przez nabywcę numeru VAT UE nadanego przez inne państwo członkowskie nie przeniesie miejsca opodatkowania na terytorium tego państwa, chyba że ma on tam faktycznie siedzibę lub miejsce zamieszkania bądź usługa świadczona będzie dla stałego miejsca prowadzenia działalności położonego na terytorium tego państwa.

Analogicznie w przypadku świadczenia usług transportu towarów na terytorium Polski, lecz na rzecz zagranicznego podatnika, usługi te nie będą podlegać opodatkowaniu VAT w Polsce, chyba że będą świadczone dla posiadanego przez tego podatnika w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności.

Dlatego też obecnie w przypadku świadczenia usług, w tym transportowych, istotne staję się ustalenie nie tylko statusu VAT usługobiorców, który determinuje sposób (metodę) ustalania miejsca świadczenia, ale dodatkowo ich struktury organizacyjnej, tzn. czy poza siedzibą lub miejscem zamieszkania posiadają oni inne stałe miejsca prowadzenia działalności i czy są one zaangażowane w transakcję. W rezultacie, przykładowo, w przypadku świadczenia usługi na rzecz zagranicznego podatnika do jego oddziału w Polsce będzie ona podlegać VAT w Polsce. Odpowiednio, w przypadku świadczenia usługi na rzecz polskiego podatnika do jego oddziału za granicą, nie będzie ona w Polsce podlegać opodatkowaniu.