Wspomniana nowelizacja dotyczyła między innymi zniesienia obowiązku oznaczania faktur konkretnym określeniem „Faktura VAT”. Zgodnie ze znowelizowanym brzmieniem rozporządzenia, za fakturę uznaje się dokument zawierający dane wymagane w § 5 rozporządzenia fakturowego (przykładowo: adres sprzedawcy, jego NIP, kwota netto transakcji, kwota podatku, stawka).

Kwestią budzącą w ostatnim czasie kontrowersje były konsekwencje podatkowe w związku z wystawieniem faktury pro-forma. Należy zauważyć, że faktura pro-forma jest dokumentem wystawianym przez podatników, co do zasady, przed dokonaniem transakcji, np. w celu określenia jej ceny lub potwierdzenia akceptacji oferty. Problematyka funkcjonowania tego rodzaju faktur w obrocie gospodarczym nie została uregulowana przez ustawodawcę (przepisy podatkowe nie definiują w ogóle takiego dokumentu).
W związku z powyższym pojawiła się wątpliwość, czy dokument „faktura pro-forma”, który w praktyce spełnia wymogi zawarte w § 5 rozporządzenia fakturowego, może być potraktowany jako faktura w rozumieniu ustawy o VAT, w konsekwencji czy w związku z jego wystawieniem powstanie obowiązek zapłaty podatku VAT wynikający z art. 108 ustawy o VAT (tzw. obowiązek odprowadzenia VAT od tzw. faktur pustych). Po nowelizacji przepisów pojawiły się stanowiska wskazujące, że wystawienie faktury pro-forma może wiązać się z koniecznością odprowadzenia wykazanego na niej VAT należnego. Zgodnie z sugestiami niektórych doradców w celu wyeliminowania ww. ryzyka w przypadku wystawiania faktur pro-forma zaleca się unikanie podawania w treści dokumentu niektórych elementów formalnych faktury, o których mowa w § 5 rozporządzenia fakturowego (np. kwoty podatku VAT).

Wątpliwości interpretacyjne zostały rozwiane w kwietniu 2013 r., gdy na stronie internetowej Ministerstwa Finansów opublikowano wyjaśnienia dotyczące faktur pro-forma. Zdaniem Ministerstwa oznaczenie dokumentu słowami „faktura pro-forma” wyklucza stosowanie wobec niego przepisów ustawy o VAT. Zatem wystawienie ww. dokumentu nie rodzi obowiązku zapłaty wskazanego w dokumencie podatku ani nie daje podstawy do odliczenia podatku VAT. Jak wskazało Ministerstwo: „wyraźne oznaczenie tego dokumentu wyrazami pro-forma powoduje, że nie można przypisać mu waloru faktury w rozumieniu przepisów o VAT, gdyż podmiot wystawiający taki dokument jednoznacznie wskazuje, że nie jest to faktura”. W Wyjaśnieniu podkreślono jednocześnie, że wystawienie faktury pro-forma nie zwalnia podatnika od obowiązku wystawienia właściwej faktury z tytułu dokonania danej transakcji.

Podsumowując, nowelizacja rozporządzenia fakturowego nie zmieniła sytuacji podatników wystawiających faktury pro-forma, w dalszym ciągu nie mają oni obowiązku zapłaty podatku VAT z tytułu wystawienia tego dokumentu.