Z cytowanej regulacji prawnej, jak również z orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, wywodzi się zasadę nadrzędności prawa wspólnotowego nad krajowym, jak również możliwość bezpośredniego stosowania prawa wspólnotowego w przypadku jego sprzeczności z prawem krajowym. Zauważyć należy, iż prawo wspólnotowe ma pierwszeństwo w przypadku sprzeczności z prawem krajowym, natomiast prawo do bezpośredniego stosowania przepisów wspólnotowych jest ucieleśnieniem prymatu prawa wspólnotowego nad prawem krajowym. Bowiem brak możliwości bezpośredniego stosowania przepisów krajowych powodowałby, że przepisy wspólnotowe byłyby w wielu przypadkach nieskuteczne. Trzeba jednak zaznaczyć, iż podatnik nie jest zobowiązany do stosowania przepisów wspólnotowych, jeżeli są one bardziej niekorzystne niż przepisy krajowe. Przykładowo, mimo że zakres zwolnień przy świadczeniu usług finansowych czy usług edukacyjnych w przepisach krajowych jest szerszy, niż wynikałoby to z Dyrektywy 112/06, podatnicy mogą stosować zwolnienia w zakresie określonym w polskich przepisach. W tej bowiem sytuacji do odpowiedzialności za niezgodność przepisów może być pociągnięte przez Komisję Europejską jedynie państwo członkowskie.
Zatem każdy podatnik posiada prawo do powoływania się na przepisy wspólnotowe, np. w zakresie podatku od towarów i usług na Dyrektywę 112/06 z dnia 28 listopada 2006 r., w przypadku, gdy przepisy krajowe są niezgodne z tymi regulacjami. Tym samym podatnicy mogą odwołać się do przepisów wspólnotowych zarówno w trakcie kontroli podatkowej, w trakcie postępowania podatkowego czy chociażby w odwołaniu wniesionym od decyzji organu podatkowego. Trzeba bowiem zaznaczyć, iż orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości z siedzibą w Luksemburgu (np. wyrok w sprawie 103/88 Fratelli Constanzo v. Commune di Milano) wskazuje, iż „organy administracyjne są w taki sam sposób zobowiązane, jak sąd krajowy, do stosowania przepisów wspólnotowych oraz do powstrzymania się od stosowania przepisów prawa krajowego, które są z nimi sprzeczne.” Powyższe orzeczenie ETS przesądza o tym, iż w przypadku bezpośredniego stosowania dyrektyw można powoływać się na prawo do takiego działania również w postępowaniu przed organami podatkowymi.
Natomiast w sytuacji, gdy na podstawie sprzecznych z przepisami wspólnotowymi przepisów krajowych został niesłusznie zapłacony podatek, podatnik posiada prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Z kolei w przypadku, gdy podatnik w skutek stosowania niezgodnych z prawem wspólnotowym przepisów krajowych doznał szkody, może on dochodzić odszkodowania od państwa, które wydało wspomniane przepisy. Jednakże odszkodowanie powinno być dochodzone na drodze powództwa cywilnego.
W celu uniknięcia lub wygrania sporu z przedstawicielami fiskusa warto również uwzględnić interpretację przepisów płynącą z orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, który stoi na straży właściwego stosowania przepisów wspólnotowych. Co prawda orzeczenia ETS wiążą jedynie w konkretnej sprawie, a polski system źródeł prawa nie przewiduje, iż wyroki jakichkolwiek sądów mogą stanowić podstawę do stosowania prawa, to jednak rola Trybunału, szczególnie w przypadku podatku VAT, jest znacząca. Należy bowiem pamiętać, iż ETS posiada uprawnienie do dokonywania wykładni przepisów dyrektyw dotyczących podatku VAT.
