Spółka komandytowa jest spółką osobową mającą na celu prowadzenie przedsiębiorstwa pod własną firmą, w której wobec wierzycieli za zobowiązania spółki co najmniej jeden wspólnik odpowiada bez ograniczeń (komplementariusz), a co najmniej jeden wspólnik (komandytariusz) odpowiada w sposób ograniczony. Spółka komandytowa, jako spółka osobowa, nie posiada osobowości prawnej i tym samym, nie jest podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych (jest „przejrzysta” podatkowo). Podatnikami podatku dochodowego w odniesieniu do dochodów generowanych przez spółkę komandytową są jej poszczególni wspólnicy.
Ustawa o pdop stanowi (art. 5 ust. 1 i ust. 2), że przychody z udziału w spółce niebędącej osobą prawną łączy się z przychodami każdego wspólnika proporcjonalnie do posiadanego udziału. W razie braku przeciwnego dowodu, przyjmuje się, że udziały wspólników w przychodach są równe. Te same zasady stosuje się odpowiednio do rozliczania kosztów uzyskania przychodów, zwolnień i ulg podatkowych oraz obniżenia dochodu, podstawy opodatkowania lub podatku.
W sytuacji, gdy jednym ze wspólników w spółce komandytowej jest zagraniczna spółka, będąca rezydentem innego kraju, kwestie opodatkowania podatkiem dochodowym należy rozpatrywać z uwzględnieniem postanowień umów o unikaniu podwójnego opodatkowania. Zgodnie z postanowieniami większości umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, których stroną jest Polska, dochody zagranicznego przedsiębiorstwa podlegają opodatkowaniu w Polsce, jeśli to przedsiębiorstwo prowadzi działalność w Polsce poprzez położony tu zakład (ang. permanent establishment). Wówczas zyski zagranicznego przedsiębiorstwa mogą być opodatkowane podatkiem dochodowym w Polsce wyłącznie do wysokości, w jakiej mogą być przypisane temu zakładowi.
W rozumieniu umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, zakład to stała placówka, przez którą całkowicie lub częściowo prowadzona jest działalność przedsiębiorstwa. Zakład może stanowić m.in. filia, biuro, miejsce zarządu, czy budowa której działalność trwa powyżej wskazanego okresu czasu.
W Komentarzu OECD do Modelowej Konwencji (stanowiącej wzór umów w sprawie unikania podwójnego opodatkowania zawieranych przez Polskę) stwierdzono, że w przypadku spółek osobowych przejrzystych pod względem podatkowym, kryterium czasu trwania budowy ma zastosowanie do własnej działalności spółki osobowej. Jeżeli zatem wskazany okres czasu dla trwania budowy zostanie przekroczony przez wspólników i pracowników spółki osobowej, to przedsiębiorstwo prowadzone przez spółkę osobową jest traktowane jak zakład. Każdy więc wspólnik spółki osobowej powinien być traktowany jako posiadający zakład w zakresie opodatkowania jego części zysków osiągniętych przez spółkę osobową, bez względu na okres spędzony przez niego samego na miejscu budowy.
W oparciu o powyższy fragment Komentarza OECD do Modelowej Konwencji (odnoszący się do specyficznego rodzaju działalności, jakim jest prowadzenie prac budowlanych), można dojść do wniosku, że wystarczy, iż polska spółka osobowa prowadzi działalność gospodarczą w Polsce, dysponuje znajdującym się tutaj biurem, zatrudnia pracowników zawierających i realizujących kontrakty w ramach profilu działalności spółki komandytowej, to taka spółka osobowa stanowi zakład w Polsce zagranicznego przedsiębiorcy. Innymi słowy, jeżeli polska spółka komandytowa, jako podmiot transparentny pod względem podatkowym, prowadzi działalność gospodarczą w Polsce, to zagraniczny wspólnik takiej spółki komandytowej posiada w Polsce zakład. Zagraniczna spółka kapitałowa, będąca wspólnikiem w polskiej spółce komandytowej, będzie zatem podlegać opodatkowaniu polskim podatkiem dochodowym od osób prawnych – ale wyłącznie w odniesieniu do zysków spółki komandytowej przypisanych temu zagranicznemu wspólnikowi.
Powyższe stanowisko jest reprezentowane także przez Ministerstwo Finansów w wydawanych indywidualnych interpretacjach podatkowych (tak np. w interpretacji Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 31 marca 2010 r. IPPB5/423-25/10-2/AJ oraz z 28 września 2009 r. IPPB5/423-406/09-4/PS).
