Przede wszystkim zauważyć jednak należy, iż mówiąc o postępowaniu podatkowym mamy na myśli de facto pewien spór z organami podatkowymi i to spór, u którego podstaw niejednokrotnie spoczywa stosowanie przepisów do konkretnego stanu faktycznego. Jego ustalenie jest więc czynnością o kluczowym znaczeniu dla rozstrzygnięcia sprawy. Warto podkreślić, iż ustalenie stanu faktycznego to nic innego, jak przeprowadzenie postępowania wyjaśniającego, w trakcie którego organ podatkowy ustalając stan faktyczny gromadzi istniejące w sprawie dowody.
Koncepcją odmienną (nie przeciwną, bo ta zakładałaby wyłączną aktywność podatnika) jest przejęcie na grunt prawa podatkowego wspomnianej powyżej reguły prawa cywilnego, a więc założenie, że obowiązek udowodnienia faktów spoczywa na tej ze stron postępowania, która wywodzi z nich korzystne dla siebie skutki. Pogląd ten podzielają niektóre składy orzekające sądów administracyjnych (np. wyrok NSA z 16 lutego 1999 r., sygn. akt III SA 2322/99 czy wyrok NSA z 22 października 1997 r., sygn. akt III SA 634/96).
Próba praktycznego podejścia do kwestii ciężaru dowodu zdaje się kreować trzecią koncepcję, u której podstaw leży założenie takiego stosowania przepisów, aby jak najszerzej chroniły one interes podatnika.
Jak wspomniano, przepisy Ordynacji podatkowej nakładają na organy podatkowe obowiązek działania zmierzającego do ustalenia stanu faktycznego, bez względu na to, czy w efekcie zgromadzone zostaną dowody przemawiające na korzyść lub też przeciwko twierdzeniom organów. Obowiązek ten nie jest równoznaczny z brakiem konieczności podejmowania przez podatnika jakichkolwiek działań w toku postępowania podatkowego. Jeżeli bowiem w trakcie kontroli podatkowej czy też postępowania podatkowego podatnik zachowa bierną postawę i ograniczy się jedynie do dostarczania organom podatkowych żądanych przez nie dokumentów, to decyzja taka może mieć decydujący wpływ na ocenę działania organów podatkowych dokonaną bądź przez organ odwoławczy, bądź przez sąd administracyjny. Gdyby bowiem w odwołaniu czy skardze do sądu administracyjnego podatnik powoływał się na fakty czy dowody, o których istnieniu nie wspomniał w toku postępowania, to z dużą dozą prawdopodobieństwa można założyć, iż dyrektor izby skarbowej czy też sąd uznają , że skoro podatnik nie przedstawił żadnych dowodów na potwierdzenie swoich słów, to jego twierdzeń nie można uznać za udowodnione. Stanowisko takie zajął m.in. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 6 czerwca 2000 r. (III SA 1252/99), w którym stwierdził, że wprawdzie przepis art. 122 Ordynacji podatkowej nakłada na organy podatkowe obowiązek podejmowania wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, jednakże nie może to oznaczać obciążenia organu nieograniczonym obowiązkiem poszukiwania faktów mających istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy, w szczególności w sytuacji, gdy podatnik nawet nie sygnalizował istnienia innych dowodów.
Z drugiej jednak strony niezasadne jest całkowite zaakceptowanie tezy, iż w postępowaniu podatkowym stosuje się, przejętą z prawa cywilnego, regułę, że to podatnik – kwestionując ustalenia dokonane w toku kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego – jest obowiązany wykazać, że organ podatkowy błędnie ustalił stan faktyczny.
Pragmatycznym wyjście z sytuacji jest przyjęcie zasady, iż co prawda przepisy Ordynacji podatkowej nakładają na organy podatkowe obowiązek podjęcia wszelkich działań w celu ustalenia stanu faktycznego i zgromadzenia wszystkich dowodów w sprawie, jeżeli jednak podatnik kwestionuje ustalenia dokonane przez organ, to powinien wskazać dowody, które popierają jego twierdzenia. Warto zauważyć, iż Ordynacja podatkowa zawiera przepisy, które wręcz nakazują podatnikowi takie działanie (zgodnie z art. 222 Ordynacji podatkowej odwołanie od decyzji organu podatkowego powinno zawierać zarzuty przeciw decyzji, określać istotę i zakres żądania będącego przedmiotem odwołania oraz wskazywać dowody uzasadniające to żądanie). Ograniczenie się jedynie do zarzucenia organowi podatkowemu nieprawidłowości w ustaleniu stanu faktycznego bez wskazania dowodów na poparcie tej tezy może zostać uznane za niewystarczające.
Podsumowując powyższe należy stwierdzić, iż w postępowaniu podatkowym ciężar dowodu spoczywa na organie podatkowym. Nie należy jednak zasady tej utożsamiać z całkowitym brakiem jakiejkolwiek aktywności podatnika. Zasadne więc wydaje się przyjęcie założenia, iż tylko aktywna postawa podatnika jest warunkiem skorzystania przez niego ze wszystkich przysługujących mu w toku postępowania podatkowego praw.
Z drugiej jednak strony, aktywnej postawy podatnika nie należy utożsamiać z przerzuceniem na niego obowiązku przedstawiania dowodów na poparcie swojego stanowiska w sytuacji, gdy organ podatkowy ograniczy się jedynie do kwestionowania prawidłowości rozliczeń. Podobnie nie można na organ podatkowy przerzucać nieograniczonego obowiązku poszukiwania dowodów, jeżeli nie miał on nawet świadomości ich istnienia. Jeżeli jednak podatnik zasygnalizuje, że istnieją takie dowody, organ podatkowy powinien podjąć wszelkie działania, żeby je zgromadzić.