Zgodnie z tą pierwszą ustawą podatnik jest uprawniony do skorygowania deklaracji w następujących przypadkach: (i) jeśli nie odliczył podatku z faktury w dacie jej otrzymania lub w okresie następnym, (ii) jeśli nie otrzymał w odpowiednim terminie dokumentów potwierdzających uprawnienie do zastosowania stawki 0% w WDT, (iii) jeśli nie otrzymał w odpowiednim terminie dokumentów potwierdzających uprawnienie do zastosowania stawki 0% w eksporcie.

Ogólne reguły dotyczące zasad korygowania deklaracji zawarte są w Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tym aktem prawnym podatnikowi, co do zasady przysługuje prawo do korygowania uprzednio złożonej deklaracji (w przypadku deklaracji VAT w każdym innym przypadku niż wymieniony powyżej). Jednocześnie prawo to ulega zawieszeniu na czas trwania postępowania podatkowego lub kontroli w zakresie objętym tym postępowaniem lub kontrolą. Po zakończeniu kontroli lub postępowania, w zakresie nieobjętym decyzją określającą wysokość zobowiązania prawo do korekty zostaje wznowione. Co istotne, 1 września 2005 r. wprowadzono do Ordynacji przepis zgodnie z którym prawo do skorygowania deklaracji po kontroli nie przysługuje podatnikom podatku od towarów i usług. Literalne stosowanie komentowanego przepisu prowadziło do sytuacji, w której podatnik, po zakończeniu kontroli (nawet jeśli nie wykazała ona nieprawidłowości) nie miał prawa do skorygowania deklaracji. Podatnik nie mógł również skorygować deklaracji jeśli zgadzał się z ustaleniami kontroli i chciałby poprawić wykryte błędy aby uniknąć postępowania podatkowego i wydania decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. W takiej sytuacji podatnik musiał czekać na wszczęcie postępowania podatkowego i decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego. Przepisy te były powszechnie krytykowane i budziły wiele wątpliwości także z punktu widzenia ich zgodności z prawem wspólnotowym. Wskazywano również na nierówne traktowanie podatników poddanych kontroli podatkowej w stosunku do podatników poddanych kontroli skarbowej – zgodnie z ustawą o kontroli skarbowej, podatnik ma prawo do skorygowania deklaracji w ciągu 14 dni od zakończenia tej kontroli.

Dlatego też z dniem 1 grudnia 2008 r. kontrowersyjny przepis art. 81b § 3 został uchylony.  Jednocześnie ustawa zmieniająca nie zawiera żadnych przepisów przejściowych. W związku z powyższym, w mojej ocenie nowe przepisy znajdą zastosowanie zarówno w sytuacji gdy kontrola zostanie wszczęta po 1 grudnia 2008 r. jak i w sytuacji gdy kontrola rozpoczęta przed tą datą zakończy się po wejściu w życie nowych przepisów. Należy zauważyć, że zgodnie z Ordynacją podatkową kontrola podatkowa zostaje zakończona w dniu doręczenia protokołu kontroli. Po tej dacie (a przed doręczeniem postanowienia o wszczęciu postępowania podatkowego) nie mamy do czynienia ani z kontrolą podatkową ani z postępowaniem podatkowym (gdyż to ostatnie zostaje wszczęte z chwilą doręczenia postanowienia o wszczęciu postępowania). Dlatego też, w mojej ocenie, w tym okresie nie znajdzie zastosowania ogólna reguła, zgodnie z którą do postępowań wszczętych przed datą wejścia w życie przepisów zmieniających stosuje się przepisy dotychczasowe. Skoro z dniem doręczenia protokołu kończy się postępowanie kontrolne to do zdarzeń zaistniałych po tej dacie stosuje się nowe przepisy. W związku z tym jeśli podatnik, po 1 grudnia 2008 r. będzie chciał skorygować deklarację może to zrobić pod warunkiem, że nie toczy się wobec niego postępowanie kontrolne lub podatkowe. Jednocześnie należy mieć na uwadze, że nowy przepis nie będzie dotyczył podatników, którzy w okresie obowiązywania dotychczasowych regulacji nie mieli możliwości skorygowania deklaracji gdyż po kontroli wszczęto wobec nich postępowanie podatkowe i wydano decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego.

Uchylenie art. 81b § 3 Ordynacji podatkowej należy ocenić bardzo pozytywnie. Zmiana ta zrówna pozycję podatników, u których prowadzono kontrolę podatkową z podmiotami, w których prowadzona była kontrola skarbowa. Od dnia wejścia w życie nowelizacji podmioty te mogą korzystać z tych samych uprawnień. Zmiana ta jest również korzystna dla organów podatkowych – podatnik, który zgadza się z ustaleniami kontroli i nie kwestionuje wykrytych nieprawidłowości będzie mógł skorygować deklarację i wpłacić zaległość z odsetkami bez konieczności prowadzenia czasochłonnego postępowania podatkowego.