Pracodawca może rozwiązać umowę z pracownikiem przebywającym na zwolnieniu lekarskim, jeśli jego niezdolność do pracy jest dłuższa niż czas usprawiedliwionej nieobecności określony w art. 53 Kodeksu pracy. W przypadku osób zatrudnionych u danego pracodawcy krócej niż 6 miesięcy dopuszczalny okres niezdolności do pracy z powodu choroby wynosi 3 miesiące. Po tym czasie pracodawca może rozwiązać umowę w trybie natychmiastowym bez winy pracownika. W przypadku osób zatrudnionych u danego pracodawcy co najmniej 6 miesięcy oraz takich, których niezdolność do pracy została spowodowana wypadkiem przy pracy albo chorobą zawodową, okres ochrony jest odpowiednio dłuższy. Odpowiada on łącznemu okresowi pobierania przez pracownika z tego tytułu wynagrodzenia, zasiłku oraz świadczenia rehabilitacyjnego przez pierwsze 3 miesiące.
Co do zasady pracownikowi nie można wypowiedzieć umowy o pracę w czasie choroby podczas jego nieobecności w pracy oraz gdy jest obecny w pracy w celu dostarczenia zwolnienia lekarskiego lub gdy pomimo swojej choroby wykonuje niecierpiące zwłoki zadania pracownicze. Zwolnienie lekarskie nie chroni natomiast przed rozwiązaniem umowy o pracę, jeśli pracownik świadczył pracę, a następnie po wręczeniu wypowiedzenia, wykazał że był w tym dniu niezdolny do pracy z powodu choroby (tak: wyrok Sądu Najwyższego z dnia 5 lutego 2002 r., I PKN 848/00).
Pracodawca, który mimo wszystko rozwiąże umowę o pracę z pracownikiem przebywającym na zwolnieniu lekarskim musi, w razie skierowania sprawy do sądu, liczyć się z koniecznością zapłaty odszkodowania bądź przywrócenia bezzasadnie zwolnionego pracownika do pracy.