Orzecznictwo sądów administracyjnych wskazuje, że uznanie danego wydatku jako kosztu uzyskania przychodów uzależnione jest od spełnienia łącznie następujących przesłanek: działania podatnika powinny zmierzać do uzyskania przychodu, podatnik powinien wykazać istnienie związku przyczynowego pomiędzy poniesionym wydatkiem a uzyskanym przychodem oraz właściwie je udokumentować. Zatem, nie każdy wydatek spełniający warunki określone w art. 15 ust. 1 i art. 16 ust. 1 ustawy może zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodów, musi jeszcze spełniać kryterium formalne. Uznanie strat w środkach obrotowych za koszt podatkowy również zależy od spełnienia wszystkich wyżej wymienionych warunków.

Należy wskazać, że niedobory magazynowe są efektem prowadzenia przez podatnika działalności gospodarczej. Oznacza to, że warunek poniesienia danego wydatku w celu osiągnięcia przychodu został spełniony. Mimo zachowania staranności powstawanie określonych strat jest często niemożliwe do uniknięcia. Straty w środkach obrotowych nie zostały ujęte w katalogu wyłączeń zawartym w art. 16 ust. 1 ustawy. Dlatego istnieją podstawy, co potwierdzają sądy administracyjne i organy podatkowe, by w pewnych okolicznościach zaliczyć przedmiotowe niedobory do kosztów uzyskania przychodów. NSA w wyroku z 7 sierpnia 2001 r. (III SA 2041/00) stwierdza, że kosztem uzyskania przychodów mogą być tylko nieuniknione straty powstałe w toku prowadzenia działalności gospodarczej. Sąd potwierdził, że co do zasady zdarzenia powodujące utratę środków obrotowych nie służą osiąganiu przychodów. Jednocześnie NSA wskazał, że działalność gospodarcza, której efektem ubocznym są przedmiotowe straty, prowadzona jest w celu generowania przychodów dla celów podatkowych. Nie można więc wykazać bezpośredniego związku pomiędzy kosztem w postaci strat magazynowych a uzyskiwanymi przychodami niemniej jednak istnieje związek o charakterze pośrednim. Powyżej przytoczone orzeczenie zostało wydane na gruncie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Niemniej jednak, przepisy art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych mają identyczne brzmienie.

Ponadto, Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji indywidualnej z 30 czerwca 2008 r. (IP-PB3-423-484/08-2/MK) przyznaje, że „stwierdzone niedobory (straty) mogą bowiem zostać zaliczone w ciężar kosztów uzyskania przychodów, jeżeli powstały niezależnie od woli podatnika, a więc są niezawinione”. I dalej: „(…) kosztem uzyskania przychodów mogą być tylko straty w towarach handlowych, w tej części, w jakiej zostały uznane za niezawinione i których okoliczności powstania oraz przyczyny zostały wyczerpująco udokumentowane. Nie stanowią bowiem kosztu uzyskania przychodów straty będące wynikiem braku staranności bądź nieracjonalnego działania podatnika”.

Wobec powyższego, aby uznać niedobory magazynowe za koszt uzyskania przychodów nie wystarczające jest jedynie stwierdzenie, że takie niedobory powstały. Warunkiem zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wartości niedoborów jest ich właściwe udokumentowanie i wyjaśnienie przyczyn ich powstania. Dokumentami stwierdzającymi przedmiotowe niedobory mogą być na przykład protokół opisujący zdarzenie, z którego wynikać będzie zarówno przyczyna powstania niedoboru jak i wielkość poniesionej straty, a także pisemne wyjaśnienia osób odpowiedzialnych za stany magazynowe lub za transport.

W praktyce organy podatkowe mogą badać czy braki magazynowe są wynikiem zaniedbań leżących po stronie podatnika. Konsekwentnie, podatnik może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów wartości, ujawnionych w trakcie okresowych inwentaryzacji, niedoborów towarów, tylko w sytuacji jednoznacznego stwierdzenia, że przedmiotowe niedobory powstały mimo zachowania należytej staranności podatnika.