Jednakże istnieje ryzyko, iż przedmiotowe zmiany wejdą w życie w terminie późniejszym, ponieważ Polska ma czas na ich wdrożenie do dnia 31 grudnia 2012 r.

Zgodnie z założeniami projektów faktury będzie można przesyłać, w tym udostępniać, w formie elektronicznej w dowolnym formacie elektronicznym, pod warunkiem uprzedniej akceptacji tego sposobu przesyłania faktur przez odbiorcę faktury. Akceptacja albo jej cofnięcie może być wyrażone w formie pisemnej lub w formie elektronicznej. Ponadto będzie istniała możliwość przesyłania faktur w dowolnej formie elektronicznej pod warunkiem zapewnienia autentyczności pochodzenia i integralności treści faktury.

Na mocy obecnie obowiązujących przepisów podatnicy są obowiązani przechowywać faktury oraz faktury korygujące, a także duplikaty tych dokumentów, do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

W konsekwencji podatnicy będą zobowiązani przechowywać faktury, faktury korygujące, a także duplikaty tych dokumentów, w podziale na okresy rozliczeniowe w dowolny sposób zapewniający:

1) autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego;
2) łatwe ich odszukanie;
3) na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami, organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej bezzwłoczny dostęp do faktur, a w przypadku faktur przechowywanych w formie elektronicznej również przetwarzanie danych w formacie tekstowym.

Autentyczność pochodzenia oznacza pewność co do tożsamości dokonującego dostawy towarów lub usługodawcy albo wystawcy faktury. Integralność treści oznacza, że w fakturze nie zmieniono danych, które powinna zawierać faktura.

Autentyczność pochodzenia i integralność treści faktury będzie zachowana, w szczególności, w przypadku wykorzystania bezpiecznego podpisu elektronicznego weryfikowanego za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu lub elektronicznej wymiany danych (EDI). Z wykładni literalnej przepisu wynika, iż nie należy wymagać od podatników stosowania żadnej szczególnej technologii fakturowania elektronicznego, zaś wskazane technologie są już tylko przykładami, nie zaś obowiązkiem jeśli podatnik chce skorzystać z fakturowania elektronicznego.

Faktury przesłane w formie elektronicznej będzie można przechowywać na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju pod warunkiem zapewnienia organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej dostępu online do tych faktur za pomocą środków elektronicznych. Ponadto, faktury przesłane w formie elektronicznej i przechowywane w tej formie podatnicy będą zobowiązani udostępniać organowi podatkowemu i organowi kontroli skarbowej w trybie umożliwiającym bezzwłoczny pobór i przetwarzanie danych w formacie tekstowym.

Powyższe zmiany należy ocenić jako zgodne z Dyrektywą 2010/45/UE z 13 lipca 2010 r. zmieniającą dyrektywę 2006/112/WE w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej w odniesieniu do przepisów dotyczących fakturowania. W Dyrektywie podkreśla się w szczególności, iż każdy podatnik określa sposób zapewnienia autentyczności pochodzenia, integralności treści i czytelności faktury, a można to zapewnić za pomocą dowolnych kontroli biznesowych, które ustalają wiarygodną ścieżkę audytu między fakturą a dostawą towarów lub świadczeniem usług. Ponadto Dyrektywa wskazuje, iż do celów kontrolnych, w przypadku gdy podatnik przechowuje faktury, które wystawia lub otrzymuje za pomocą środków elektronicznych gwarantujących dostęp w trybie on-line do stosownych danych, właściwym organom przysługuje prawo dostępu do tych faktur, do ich pobierania i wykorzystywania.

Zmiany te potwierdzają ugruntowaną linię orzeczniczą sądów administracyjnych, iż kopia faktury może być przechowywana w formie papierowej lub elektronicznej. Podkreśla się, iż „nie ma normatywnych przeciwwskazań do istnienia „mieszanego” systemu wysyłania i przechowywania faktur, polegającego na wysyłaniu faktury w formie papierowej oraz przechowywaniu jej kopii w formie elektronicznej, z gotowością wydrukowania jej na każde żądanie uprawnionego organu. Za taką wykładnią przemawiają także względy celowościowe, jak ekologiczne czy ekonomiczne. Jednocześnie z całym naciskiem trzeba podkreślić, że podatnik mając obowiązek przechowywania kopii faktur czy to formie drukowanej czy to w formie elektronicznej ponosi wszelkie ryzyko ich utraty. Jeśli więc normodawca nie wyklucza jakiejś formy przechowywania informacji, to do podatnika powinien należeć wybór tych nośników, przy jednoczesnym obowiązku zaprezentowania uprawnionym organom tych informacji w żądanej przez nie formie.” (Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 3 listopada 2009 r. o sygn. I FSK 1169/08).

Kwestię możliwości wysyłania faktur drogą elektroniczną potwierdził w wyroku Naczelny Sąd Administracyjny z 20 maja 2010 r. (sygn. I FSK 1444/09).  NSA stwierdził, iż posługiwanie się fakturami sporządzanymi i przekazywanymi w formie elektronicznej znacznie przyspiesza obrót gospodarczy oraz pozwala na pewne oszczędności. Posługiwanie się takimi fakturami, drukowanymi przez strony transakcji na papierze i w tej formie przechowywanymi, nie zmniejsza przy tym bezpieczeństwa obrotu prawnego w porównaniu z sytuacją, w której faktury od samego początku mają postać papierową i w takiej formie są przekazywane nabywcy. Ponadto, NSA podkreślił iż mają znaczenie względy racjonalności i sprawności funkcjonowania obrotu gospodarczego, a także postępu technologicznego oraz upowszechnienia się elektronicznych środków komunikacji oraz przesyłania danych.

Należy podkreślić, iż przesyłanie faktur drogą elektroniczną w dowolnym formacie elektronicznym będzie korzystną zmianą oznaczającą ogromne oszczędności dla firm. Zamiast drukować faktury i wysyłać tradycyjną pocztą, można będzie wysłać fakturę mailem. Zgodnie z planami Ministerstwa Finansów rozporządzenia powinny wejść w życie z dniem 1 stycznia 2011 r., termin ten może jednak ulec zmianie.