Zagraniczny zakład nie posiada odrębnej od centrali podmiotowości prawnej. Przyjmuje się, że jest to abstrakcyjna instytucja prawa podatkowego, której celem jest prawidłowe opodatkowywanie przez jedno państwo dochodów uzyskiwanych przez podmiot mający siedzibę lub miejsce zamieszkania w drugim państwie, ze źródeł przychodów położonych na terytorium pierwszego z państw.

Oddział przedsiębiorcy zagranicznego zobowiązany jest do sporządzania dokumentacji podatkowej, o której mowa w art. 9a ustawy o pdop w zakresie transakcji realizowanych z podmiotami powiązanymi w rozumieniu przepisów ustawy o pdop oraz w zakresie zdarzeń gospodarczych zachodzących pomiędzy oddziałem a centralą.

Analogiczny przepis wprowadzony do przepisów ustawy o pdop w zakresie szacowania dochodów pomiędzy podmiotami powiązanymi nałożył obowiązek ustalania cen zgodnie z zasadą ceny rynkowej w odniesieniu do podmiotów prowadzących działalność poprzez położony na terytorium RP zakład. Obowiązek ten został doprecyzowany w dniu 14 października 2009 r. wraz z wejściem w życie nowego rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 10 września 2009 r. w sprawie sposobu i trybu określania dochodów osób prawnych w drodze oszacowania oraz sposobu i trybu eliminowania podwójnego opodatkowania osób prawnych w przypadku korekty zysków podmiotów powiązanych. Rozporządzenie powyższe ma bowiem także zastosowanie do dochodu, który można przypisać zakładowi.

Pamiętając o generalnej zasadzie opodatkowania działalności zakładu na terytorium państwa, w którym zakład ten jest położony, w zakresie w jakim zyski mogą być przypisane temu zakładowi, należy stwierdzić, że w konsekwencji organy podatkowe mają możliwość badania, czy dochody podlegające opodatkowaniu na terytorium RP zostały przypisane przez podmiot zagraniczny położonemu w Polsce oddziałowi, zgodnie z zasadą ceny rynkowej.

Zgodnie z przyjętą praktyką, przy określaniu wielkości dochodu, który podlega opodatkowaniu w państwie położenia oddziału, bierze się pod uwagę funkcje pełnione w ramach działalności centrali i oddziału. Mając na uwadze charakter tych funkcji uzasadnione ekonomicznie może być alokowanie określonej części przychodu oddziału do przychodów centrali.

Należy zauważyć, że przepisy dotyczące zastosowania metod szacowania dochodów pomiędzy podmiotami powiązanymi do podmiotów prowadzących działalność poprzez położony na terytorium RP zakład stosuje się „odpowiednio”.

Zarówno podmiot zagraniczny jak i jego zakład (jak zostało to już wspomniane) stanowią w rzeczywistości jeden podmiot. Zagraniczny zakład nie jest odrębnym podmiotem (zarówno pod względem prawnym jak i ekonomicznym) w stosunku do pozostałej części zagranicznego podmiotu. We wzajemnych relacjach pomiędzy centralą a oddziałem nie występują transakcje w rozumieniu ustawy o pdop. Mamy tu co najwyżej do czynienia ze zdarzeniami gospodarczymi, które jednak nie wywołują skutków prawnych dla przedsiębiorstwa jako całości.

Mając jednak na względzie wyodrębnienie zakładu zagranicznego, jako specyficznej instytucji prawa podatkowego oraz cel jego wyodrębnienia w systemie podatkowym, zastosowanie przepisów o cenach transferowych do zakładu należy rozumieć jako doprecyzowanie sposobu przypisywania zysków do zakładu zagranicznego. Metody ustalania cen pomiędzy podmiotami powiązanymi będą miały zastosowanie w takiej sytuacji do hipotetycznej „ceny” występującej w relacjach oddział – centrala. Ustalenie tak rozumianej „ceny” będzie pozwalało na prawidłowe alokowanie zysku do działalności zakładu. Dla przykładu w przypadku, gdy oddział będzie dokonywał dystrybucji do niezależnych podmiotów towarów wyprodukowanych przez centralę, zastosowanie metody ceny odprzedaży pozwoli ustalić hipotetyczną cenę „zakupu” towarów od centrali, i w konsekwencji prawidłowo alokować zysk (podlegający opodatkowaniu) do oddziału.

Zastosowanie zatem przepisów dotyczących cen transferowych nie będzie odnosiło się wprost do „rozliczeń” pomiędzy centralą a oddziałem.

Warto także zauważyć, że pojęcie zakładu zagranicznego uregulowane w ustawie o pdop jest bardzo szerokie. Pojęcie to na grunt ustawy o pdop zostało przeniesione z definicji zawartych w bilateralnych umowach o unikaniu podwójnego opodatkowania. Zgodnie z definicją traktatową zakładu, zakładem zagranicznym jest stała placówka, przez którą całkowicie lub częściowo prowadzona jest działalność gospodarcza przedsiębiorstwa zagranicznego. W szczególności pojęcie to obejmuje m.in. siedzibę zarządu, filię, biuro, zakład fabryczny, warsztat, kopalnię, plac budowy. Zagraniczny zakład konstytuuje także osoba fizyczna działająca w imieniu przedsiębiorstwa zagranicznego, posiadająca pełnomocnictwo do zawierania umów w imieniu tego przedsiębiorstwa i zwyczajowo wykonująca to pełnomocnictwo.

Wobec powyższego obowiązek sporządzenia dokumentacji cen transferowych i prawidłowego ustalania cen w transakcjach z podmiotami powiązanymi będzie dotyczył także  podmiotów znajdujących się poza zakresem definicji oddziału przedsiębiorcy zagranicznego występującej w przepisach ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Tym bardziej, że zgodnie z obowiązującą na terenie Unii Europejskiej zasadą swobody przedsiębiorczości, ograniczenia wynikające z ustawy o swobodzie działalności gospodarczej w zakresie utworzenia i prowadzenia oddziału przedsiębiorcy zagranicznego nie mogą odnosić się do podmiotów posiadających siedzibę w państwach członkowskich UE.