W związku z powyższym, wielu podatników mających pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego VAT uznaje, iż ewentualne pomyłki dotyczące rozliczenia podatku VAT np. z tytułu importu usług/ WNT nie powinny rodzić negatywnych konsekwencji w zakresie VAT. Takie podejście jest zrozumiałe chociażby z uwagi na fakt, że w przypadku stwierdzenia, iż podatnik nie rozliczył podatku należnego np. z tytułu importu usług/ WNT, organy podatkowe mają obowiązek uwzględnić zarówno podatek należny, jak i podatek naliczony. W takiej sytuacji, brak jest więc ryzyka, iż wykazana nieprawidłowość (polegająca na niewykazaniu podatku należnego np. z tytułu WNT/ importu usług) mogłaby spowodować powstanie zaległości podatkowej. Naturalnym może się więc wydać podejście, że również sytuacja odwrotna – polegająca na „niepotrzebnym” wystawieniu faktury wewnętrznej i wykazaniu w niej podatku należnego – nie powinna skutkować nieprawidłowościami w określeniu wysokości kwoty podatku VAT podlegającego wpłacie do urzędu skarbowego lub kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikającej z danej deklaracji.
Sytuacja taka nie jest już jednak taka oczywista. Powołując się na art. 108 ustawy o VAT, organy podatkowe mogą bowiem twierdzić, że sam fakt wystawienia faktury wewnętrznej skutkuje obowiązkiem zapłaty wykazanego na niej podatku. Zgodnie z przywołanym przepisem wystawienie faktury, w której wykazana jest kwota podatku VAT, powoduje konieczność jego zapłaty. Równocześnie, organy podatkowe mogą twierdzić, że podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia tego podatku jako podatku naliczonego z uwagi na brzmienie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT, który przewiduje zakaz odliczania podatku naliczonego w przypadku czynności, które nie zostały dokonane. Niezależnie, istnieje również ryzyko, że organy podatkowe będą twierdzić, iż podatek wykazany na „niepotrzebnie” wystawionej fakturze wewnętrznej nie jest w ogóle podatkiem należnym, co oznaczałoby, iż nie może on stanowić podatku naliczonego (w analizowanych przypadkach kwotę podatku naliczonego stanowi bowiem kwota podatku należnego). Takie podejście skutkowałoby obniżeniem podatku naliczonego VAT podlegającego odliczeniu, co w połączeniu z brakiem korekty podatku należnego mogłoby spowodować powstanie zaległości po stronie podatnika.
Przykładowo, takie niekorzystne dla podatników stanowisko zostało zaprezentowane przez NSA w wyroku z 15 października 2009 r. (I FSK 1057/08), potwierdzającym wcześniejszy wyrok WSA w Białymstoku z 5 marca 2008 r. (I SA/Bk 19/08). Stanowisko sądów opierało się między innymi na argumentacji, iż zasady dotyczące „zwykłych” faktur stosuje się odpowiednio do faktur wewnętrznych. Dlatego, sądy nie znalazły podstaw, aby wyłączyć zastosowanie art. 108 ustawy o VAT do faktur wewnętrznych. To z kolei oznacza, że sam fakt wystawienia faktury wewnętrznej z wykazaną na niej kwotą podatku VAT skutkuje koniecznością zapłaty tego podatku przez podmiot wystawiający daną fakturę.
Trudno zgodzić się jednak z powyższą argumentacją. Pomija ona bowiem zupełnie cel wprowadzenia art. 108 ustawy o VAT (opartego na art. 203 Dyrektywy 2006/112), którym było uniknięcie sytuacji, w której podmiot otrzymujący fakturę odliczy podatek VAT, który nie został wykazany jako podatek należny przez podmiot wystawiający daną fakturę. Niewątpliwie, do takiego nadużycia i wyłudzenia podatku VAT nie dojdzie w związku z samym faktem wystawienia faktury wewnętrznej – jest to bowiem dokument wewnętrzny służący technicznemu rozliczeniu podatku VAT, który nie pojawia się w obrocie gospodarczym pomiędzy podmiotami (wystawiany jest w jednym egzemplarzu). Jeśli podatek zostanie wykazany na takiej fakturze nienależnie, odpowiednia korekta (zarówno po stronie podatku należnego, jak i podatku naliczonego) będzie mogła zostać w prosty sposób wykonana w ramach korekty rozliczenia wyłącznie jednego podatnika. To z kolei eliminuje niebezpieczeństwo uszczuplenia wpływów podatkowych, przed którym miał właśnie chronić art. 108 ustawy o VAT.
Takie korzystne dla podatników stanowisko zostało zaprezentowane między innymi przez WSA w Warszawie w wyrokach z 26 marca 2009 r. (III SA/Wa 59/09) oraz z 7 maja 2010 r. (III SA/Wa 2200/09). W wyrokach tych sąd uznał, iż nieuzasadnione jest twierdzenie o bezwzględnym obowiązku stosowania do faktur wewnętrznych regulacji zawartej w art. 108 ustawy o VAT. Mimo iż podejście takie wydaje się uzasadnione, to biorąc pod uwagę pojawiające się również niekorzystne wyroki, nie można wyeliminować ryzyka związanego z błędnym wystawieniem faktur wewnętrznych (nawet w przypadku podatników korzystających z pełnego prawa do odliczenia podatku naliczonego).
