Organy podatkowe w przedmiotowej kwestii prezentują niekorzystne dla podatnika podejście. W swoich interpretacjach stwierdzają, iż w związku z brakiem w przepisach dotyczących niedostatecznej kapitalizacji jakiegokolwiek rozróżnienia na odsetki mające wpływ na wartość środka trwałego lub też na nią nie wpływające należy uznać, iż przepisy te mają zastosowanie do wszelkich odsetek od pożyczek spełniających warunki określone w przepisie, w tym również do odsetek zwiększających wartość początkową środka trwałego. W konsekwencji kwota odpisu amortyzacyjnego powinna ulec zmniejszeniu o wartość odsetek niemogących być kosztem uzyskania przychodu, które to odsetki uprzednio powiększyły wartość amortyzowanego środka trwałego (interpretacja Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 5 listopada 2009 r., sygn. IPPB5/423-530/09-4/PJ).
Mimo, iż stanowiska organów podatkowych w przedmiotowej kwestii są negatywne, w mojej opinii istnieją argumenty przemawiające za tym, iż w takiej sytuacji cała kwota odpisu amortyzacyjnego powinna stanowić koszt uzyskania przychodów. Art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 UoPDOP wskazuje bowiem na odsetki zapłacone, nie wymieniając jednocześnie odpisów amortyzacyjnych zawierających w sobie wartość odsetek (a przecież odpisy amortyzacyjne stanowią odrębna kategorię kosztową). Zgodnie z literalną wykładnią, która, przypomnijmy, ma pierwszeństwo przed pozostałymi wykładniami interpretacji prawa, odpisy te nie powinny być objęte powyższymi ograniczeniami. Niemniej jednak, w związku z obecnym stanowiskiem administracji podatkowej, w przypadku zaliczenia odpisów amortyzacyjnych zawierających w sobie również wartość odsetek w całości do kosztów podatkowych, podatnik musi się liczyć z ryzykiem zakwestionowania takiego rozliczenia przez organ podatkowy.
