Rozstrzygając o stawce podatku VAT właściwej dla opodatkowania dostawy nieruchomości zabudowanej należy pamiętać, że regulacje ustawy o VAT, odmiennie niż przepisy prawa cywilnego, przewidują, że wartości gruntu nie należy wyodrębniać z podstawy opodatkowania VAT jeżeli przedmiotem dostawy są budynki, budowle lub ich części trwale z gruntem związane (art. 29 ust. 5 ustawy o VAT). Oznacza to, że dla celów opodatkowania VAT i ustalenia właściwej stawki podatku decydujące znaczenie ma klasyfikacja budynku czy budowli, jeśli takie znajdują się na danym gruncie. W sytuacji, kiedy będący przedmiotem dostawy podlegającej opodatkowaniu VAT (np. sprzedaży) budynek korzysta ze zwolnienia w VAT, również grunt, na którym ten budynek się znajduje korzysta ze zwolnienia z VAT.

Podobna zasada dotyczy sytuacji, kiedy budynek znajduje się na gruncie oddanym w wieczyste użytkowanie. Zgodnie z paragrafem 12 punkt 11 rozporządzenia Ministra Finansów z 24 grudnia 2009 r. sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2009 r., Nr 224, poz. 1799) zwolnieniu z VAT podlega zbycie prawa wieczystego użytkowania gruntu w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo ich części, jeżeli budynki te lub budowle korzystają ze zwolnienia z VAT. Podobnie przepis paragrafu 6 punkt 5 powołanego rozporządzenia przewiduje takie konsekwencje dla zastosowania stawki obniżonej 7%. A zatem, także i w tej sytuacji opodatkowanie zbycia prawa użytkowania wieczystego gruntu uzależnione jest dla celów opodatkowania VAT od budynków lub budowlami, które się na nim znajdują. Konsekwencje te dotyczą zbycia prawa użytkowania wieczystego gruntu, tj. obrotu prawem, które już istnieje (zostało ustanowione w przeszłości).

Trzeba jednak pamiętać, że powyższa zasada nie dotyczy oddania gruntu w wieczyste użytkowanie (art. 29 ust. 5a ustawy o VAT), tj. ustanowienia tego prawa po raz pierwszy przez Skarb Państwa lub jednostkę samorządu terytorialnego. W takiej sytuacji budynki lub budowle znajdujące się na gruncie oddawanym w wieczyste użytkowanie należy bowiem traktować dla celów opodatkowania VAT odrębnie. Tym samym, możliwe jest opodatkowanie różnymi stawkami VAT czynności oddania gruntu w wieczyste użytkowanie oraz dokonanie dostawy budynku znajdującego się na tym gruncie.  Jak wskazano wcześniej, w przypadku późniejszego zbycia wcześniej ustanowionego prawa wieczystego wraz ze znajdującym się na nim budynkiem lub budowlą sposób opodatkowania VAT zależy od posadowionych na gruncie budynków lub budowli.

Skomplikowane zasady opodatkowania transakcji mających za przedmiot nieruchomości z jednej strony wymagają od podatników szczególnej czujności i uwagi, z drugiej jednak strony mogą niekiedy pozwalać na planowanie podatkowe. Z tego względu każdorazowo warto zastanowić się nad klasyfikacją budynków czy budowli posadowionych na gruncie będącym przedmiotem transakcji.

Podstawa prawna: art. 29 ust. 5 oraz 5a ustawy o VAT; paragraf 12 punkt 11 rozporządzenia Ministra Finansów z 24 grudnia 2009 r. sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2009 r., Nr 224, poz. 1799)