Zgodnie z zasadą ogólną, podstawę opodatkowania co do zasady nadal stanowić będzie szeroko rozumiany obrót, którego rozumienie ulegnie jednak nieznacznej modyfikacji. Co istotne, Minister Finansów ostatecznie nie zdecydował się na planowaną wcześniej zmianę podejścia w odniesieniu do sposobu uwzględniania w podstawie opodatkowania dotacji oraz subwencji. W efekcie przedmiotowe płatności nadal będą wliczane do podstawy opodatkowania jedynie w przypadkach, w których mają bezpośredni wpływ na cenę towarów/usług sprzedawanych przez podatnika.
Projekt zasadniczo nie przewiduje także zmian regulacji określających podstawę opodatkowania dla nieodpłatnych dostaw towarów podlegających opodatkowaniu VAT. Podstawą opodatkowania przy takich przekazaniach towarów, podobnie jak obecnie, będzie cena nabycia towarów, a gdy nie ma ceny nabycia – koszt ich wytworzenia, określone w momencie dostawy tych towarów. Projekt proponuje jednak uzupełnienie tej regulacji o możliwość ustalania podstawy opodatkowania w oparciu o cenę nabycia nie tylko towarów podlegających nieodpłatnemu wydaniu, lecz także towarów podobnych.
Podkreślenia wymaga fakt, iż w art. 29a ust. 6 VATU zaproponowano istotne doprecyzowanie w zakresie elementów wchodzących w skład podstawy opodatkowania. Projektowany przepis odzwierciedla brzmienie art. 78 Dyrektywy VAT UE stanowiąc wprost, że podstawa opodatkowania będzie obejmować m.in. wydatki dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu i ubezpieczenia pobierane przez dokonującego dostawy lub usługodawcę od nabywcy lub usługobiorcy.
W odniesieniu do kursów walut właściwych dla przeliczenia kwoty podstawy opodatkowania wyrażonej w walutach obcych na złotówki projekt wprowadza, na zasadzie alternatywy dla stosowania odpowiedniego kursu NBP, możliwość posługiwania się kursem ogłaszanym przez Europejski Bank Centralny.
Minister Finansów zdecydował się również na wprowadzenie do VATU, wzorem Dyrektywy VAT UE, przepisów dotyczących zwrotu kosztów osób trzecich ponoszonych przez podatnika. Zgodnie z brzmieniem nowego przepisu art. 29a ust. 7 pkt 3) VATU, podstawa opodatkowania nie będzie obejmować kwot otrzymywanych od nabywcy lub usługobiorcy jako zwrot udokumentowanych wydatków poniesionych w imieniu i na rzecz nabywcy lub usługobiorcy i ujmowanych przejściowo przez podatnika w prowadzonej przez niego ewidencji. Warto przy tym pamiętać, że komentowany przepis nie dotyczy popularnej konstrukcji tzw. „refakturowania kosztów”, która może znaleźć zastosowanie w przypadkach, w których podatnik poniósł co prawda wydatek na rzecz osoby trzeciej, jednak działając w swoim własnym imieniu.
Warto także zauważyć, że zgodnie z projektem z VATU zniknąć mają szczególne zasady ustalania podstawy opodatkowania czynności maklerskich, czynności wynikających z zarządzania funduszami inwestycyjnymi, z umowy agencyjnej lub zlecenia, pośrednictwa, lub innych usług o podobnym charakterze (zgodnie z obecnymi regulacjami, w odniesieniu do tego typu czynności podstawą opodatkowania jest zasadniczo kwota prowizji pobieranej przez podatnika). Pod rządami nowych przepisów wysokość podstawy opodatkowania będzie w takich sytuacjach ustalana w oparciu o zasadę ogólną.
