Elementarną cechą podatku od towaru i usług jest jego neutralność dla przedsiębiorców.         W praktyce oznacza to przerzucenie ciężaru daniny na ostatecznego konsumenta. Na gruncie przepisów unijnych jak i polskiej ustawy VAT, neutralność zachowana jest poprzez system odliczeń podatku naliczonego od kwoty podatku należnego.

W przypadku gdy kwota podatku naliczonego z tytułu zakupu towarów lub usług, które następnie wykorzystywane są w celu wykonania czynności opodatkowanych przekroczy kwotę podatku należnego po stronie przedsiębiorcy, ma on prawo wystąpić o zwrot kwoty stanowiącej różnicę. Co do zasady właściwy organ skarbowy winien dokonać zwrotu w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia podatnika, jednakże ma on prawa przedłużyć ten termin gdy uzna, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowej weryfikacji.

W dniu 8 maja 2017 r. na ręce Marszałka Sejmu wpłynął projekt zmian w zakresie regulacji dot.  terminu zwrotu kwoty podatku naliczonego przedsiębiorcy. Proponowane jest skrócenie terminu zwrotu podatku z 60 dni do 25 dni. Tym samym na skutek nowelizacji, likwidacji uległaby instytucja wcześniejszego zwrotu w terminie 25 dni po spełnieniu ustawowych przesłanek wymienionych w art. 87 ust. 6 pkt 1-4.  ustawy VAT.

Proponowana zmiana ma na celu poprawić płynność polskich przedsiębiorstw, zwłaszcza nowopowstałych firm oraz małych i średnich przedsiębiorstw. W obecnym stanie prawnym działania organów skarbowych polegające na przedłużonej weryfikacji zasadności zwrotów, są częstym powodem zaburzenia równowagi finansowej podmiotów, mogących doprowadzić do ich upadku.

Ponadto obejmowanie kolejnych grup podmiotów obowiązkiem sporządzania Jednolitego Pliku Kontrolnego, znacznie ułatwi procedurę weryfikacji.