Nowe regulacje nie zmieniają – w porównaniu z poprzednio obowiązującymi – sposobu opodatkowania transportu osób, upraszczają natomiast przede wszystkim zasady opodatkowania transportu towarów. Dotychczas bowiem miejsce opodatkowania zależało w pierwszej kolejności od tego, czy dana usługa transportowa była wykonywana na terenie Unii Europejskiej czy też trasa transportu przebiegała (przynajmniej po części) poza nią. W przypadku tzw. wewnątrzwspólnotowej usługi transportu towarów usługa ta była opodatkowana w państwie, w którym transport się rozpoczynał (dopuszczalne było jednak rozwiązanie alternatywne, w którym nabywca podawał sprzedawcy usługi numer NIP, pod którym został zidentyfikowany na terenie innego państwa członkowskiego UE, co powodowało przejście obowiązku podatkowego na terytorium tego kraju). Przy trasach przekraczających granice UE opodatkowanie miało miejsce w poszczególnych krajach, przez które przebiegała trasa transportu, z uwzględnieniem pokonanych odległości.
Od początku tego roku w pierwszym kroku należy ustalić, czy usługa transportu towarów będzie świadczona na rzecz przedsiębiorcy, czy też na rzecz osoby nie prowadzącej działalności gospodarczej, w rozumieniu ustawy o VAT. W pierwszym przypadku przewidziano przejście obowiązku podatkowego na nabywcę na zasadzie reverse charge, a opodatkowanie będzie miało miejsce w państwie, w którym nabywca posiada siedzibę lub stałe miejsce prowadzenia działalności, dla którego usługa została wyświadczona. Trasa przebiegu transportu nie będzie miała znaczenia dla ustalenia miejsca opodatkowania, może mieć natomiast znaczenie przy ustalaniu stawki podatku. Należy bowiem pamiętać, że przy transporcie przekraczającym granicę UE zastosowanie może znaleźć, zgodnie z art. 83 ust. 1 pkt. 23 ustawy o VAT, stawka 0%. Warto zwrócić uwagę na pewne niedopatrzenie ustawodawcy, który szczegółowo wymieniając przypadki zaistnienia transportu międzynarodowego korzystającego ze stawki zerowej, nie wymienił transportu przebiegającego w całości poza terytorium Wspólnoty. Istnieje zatem spore ryzyko, że polski usługobiorca korzystający z usługi przewiezienia towarów przykładowo z Białorusi do Rosji będzie zmuszony opodatkować tę usługę na zasadzie reverse charge normalną stawką podatku.
W drugiej sytuacji, gdy transport jest dokonywany na rzecz osób nie będących przedsiębiorcami, w mocy pozostają zasadniczo dotychczasowe zasady. W przypadku transportu wewnątrzwspólnotowego miejscem opodatkowania jest miejsce, gdzie transport się rozpoczyna. Uściślono jednak, że rozpoczęcie transportu następuje dopiero w momencie faktycznego załadowania towarów, nie wlicza się zatem drogi dojazdu po towar. Gdy trasa transportu przekracza terytorium Wspólnoty, opodatkowanie następuje w poszczególnych krajach, przez które transport się odbywa, proporcjonalnie do pokonanego dystansu. Także i w sytuacji transportu towarów (s)poza Unii na rzecz nie-przedsiębiorcy usługa może być objęta stawką 0% w odniesieniu do polskiego odcinka trasy.
